1.高壓蒸汽滅菌:需要高壓蒸汽鍋爐，技術指標最高溫度140攝氏度或2 kg/cm2。物品在密閉容器中，加熱水產生高壓蒸汽提高溫度達到殺菌的目的。壹般培養基在121℃下保持20分鐘即可達到滅菌效果，菌絲營養體、孢子和孢子均已被殺死。但如果基質中含有葡萄糖、馬裏茨、豆芽汁、維生素等物質，宜保持在115攝氏度20分鐘，否則過高的溫度會破壞營養成分，產生不利於食用菌生長的有毒物質。木屑、甘蔗渣、棉籽殼、麥粒、飼草、糞便等物質，本來就含有大量的細菌，水分較少，所以保持129攝氏度滅菌12.5小時為宜。
二、常壓蒸汽滅菌:物品在鍋內用常壓蒸汽滅菌。通常蒸汽溫度是95105攝氏度，所以殺菌時間需要68小時才能達到效果。這種方法適用於人力、燃料充足，又無力購買高壓蒸汽鍋爐的地方。這種方法有利於保持培養基中的營養成分。
三、間歇滅菌法:不宜超過100攝氏度高溫的物品為佳。將培養基放入鍋中100℃高溫蒸1小時，殺死雜菌營養體，2530℃保溫24小時，剩余孢子萌發成營養體。第二次蒸煮進行65438±0小時，以殺死發芽的孢子。同理，第三次蒸煮1小時並保溫可以達到徹底殺菌的效果。
第四，過濾除菌:通過機械滯留技術去除部分不耐高溫的物品。如血清、維生素、氨基酸等。通常用這種方法消毒。需要設置壹個吸濾瓶和壹臺空氣壓縮機。
化學消毒法:常用的化學藥品有氯化汞、高錳酸鉀、漂白粉、福爾馬林、酒精等。在食用菌栽培中，這些化學品的殺菌效果不穩定，有的影響產品的安全性。比如氯化汞不適合用於食品，多用於表面消毒或環境消毒。