萬密齋在繼承家學的同時，註重臨床實踐，醫學造詣深厚，尤其擅長把脈望色。善於鑒別診斷疑難病癥。在兒科方面，他在《傳家寶十三方》的基礎上，總結了小兒的三大病因，提出了不過度服藥，重在預防的觀點；在婦科方面，闡述女性的生理病理特點，強調滋補氣血、調理脾胃的重要性，在中醫婦科史上影響深遠。他發明的“石灣牛黃清心丸”至今仍是治療小兒急性驚厥的良藥。萬密齋重視對病情的分析，靈活運用古方。它的藥方是用藥少，療效好，創造了許多起死回生的奇跡，所以被當時的人們稱為“神醫”。
萬密齋花了幾十年的時間，總結和整理了祖先和自己的醫學理論和臨床實踐經驗，撰寫了《萬密齋醫學百科全書》，全書100余卷，約1.5萬字，是繼《千金要方》之後，中國醫學史上又壹部中醫百科全書。它匯集和發展了中國16世紀以前的醫學成就。既闡述了中醫理論和醫學經典，又論述了疾病的預防、保健、養生和胎教，講解簡單，論點精辟，藥方簡潔。書中很多章節都是以詩詞歌賦的形式敘述的，膾炙人口，對後世和海外影響深遠。
由於萬密齋醫德高尚，醫術高超，貢獻多，影響大，死後以“京城禦葬”的形式安葬在家鄉的大河堤廣家崗。村民們自願在墳墓旁邊建壹個神龕作為紀念。清朝康熙皇帝封萬密齋為“醫聖”。