中國古代很早就確立了儒家文化的主導地位，而佛教和道教傳播廣泛，影響深遠，也為歷代統治階級所重視和利用，從而形成了以儒家文化為主，佛道為輔的傳統文化特色。大約在北宋時期(960-1127)，儒教在儒、釋、道三家的鬥爭和融合過程中，為了與蒸蒸日上的佛、道兩家抗衡，吸收了禪宗的精神，豐富了儒教的哲學理論，產生了理學——新儒家，形成了儒教各派之間的爭論、討論和交流。書院適應了這種形勢的需要，成為理學的搖籃和發展基地。南宋“四大書院”(嶽麓、白鹿洞、、香山)的理事張騫、朱、、、陸九淵，分別代表了湖湘、、武學、香山等理學流派。
明代書院的發展非常曲折。到了王陽明、詹若水等人的興起，大力發展書院，書院建築有了短暫的繁榮。同時，還有泰山、林東等學派試圖糾正王雪的偏頗，尤其是林東學派。他們討論時政，參與政治鬥爭，在中國歷史上占有重要地位。
幾經沈浮，書院終於在清末被現代官辦學校所取代，成為後來學校的基礎，書院制度正式終結。
書院歷來是學者們聚在壹起講學的地方，大多由名人主持。因此，書院建築更多地反映了中國古代知識分子的思維方式、生活情趣和審美觀。在傳統思想中，“天人合壹”是最高境界，即天人合壹。書院建築重視環境的選擇，主張結合自然條件因地制宜，或突出沿縱軸的空間變化，或多軸平行橫向擴展，建築布局更加靈活自由。同時，理學多受佛道影響，註重修身養性，超脫於物，追求“淡泊清心，寧靜致遠”的境界，經常在景區修建書院。
書院建築體現了“禮樂相得益彰”的思想。受傳統禮儀思想的約束，大多中軸線對稱，布局規整。同時，隨著院落大小、園林空間、走廊、開廳的變化，建築隨地形錯落有致，體現了人與建築、人與自然的和諧。講堂是中軸線上的主要場所，壹般三至五間，布置在書院的中心。廳前有壹個寬敞的庭院，既突出了它的主體地位，又擴大了空間。圖書館是書院的另壹個重要組成部分，壹般是兩三層的亭子，位於書院的後面或者另壹個院子裏，環境幽靜。大多數用於祭祀的寺廟或祠堂都供奉著學校的主人、著名的山長(院長)以及當地的聖人。少數書院還在書院旁邊設立了孔廟。除了主體建築，還有山領導住的小院，還有學生住的宿舍，也有很多山塘花園；後期受官學影響，部分書院增設了監獄、武術館、射擊苗圃、試驗棚等。
中國古代文人通常反對土木工程的鋪張浪費，提倡簡樸。書院建築吸收了當地民間建築的特點和做法，追求古樸自然之美，規模符合人們的生活需求。它樸實無華，色澤淡雅，渾然天成，與官方建築(如宮殿)的富麗堂皇完全相反。深厚的文化內涵是其獨特的藝術特色，刻碑立石、題寫匾額的手法彰顯了書院建築的高雅意境。迄今為止，我國已有嶽麓書院、白鹿洞書院、嵩陽書院、五峰書院、東林書院等數十座書院建築。