自唐宋以來，官學的壹個最重要的特點就是教育與科舉取士相結合。這種教育壹方面可以培養國家需要的人才，有利於政府的統治；另壹方面，另壹方面，官學容易成為士人追名逐利的場所，教育容易腐敗。
書院教育，另壹方面，往往堅持儒家教育理想。個人來說，它旨在實現道德人格。從社會上來說，就是進入政府把別人推出王之道，或者朝野按社會良心討論政務，讓政府正規，人民安居樂業。理學家朱曾說:“暗中觀察過去的聖賢，所以他教人學習。不就是讓他們講道理，修身體，然後推別人嗎？不就是記他們的事，寫詩，撈功名得利嗎？”就是這個意思。
重在尊師愛生，建立師生友誼。
中國古代教育有“尊師愛生”的優良傳統，但這個傳統不在官學，而在書院。由於官學的師生往往以利益為重，關系趨於冷漠和疏遠，不像書院的師生關系那樣純粹和真實。
壹方面是因為學生自己選擇老師，跟著老師走，他們在入門之前就已經很佩服老師的學識和人格，入門之後又受到老師人格的教導和啟發，所以更加尊重老師。以新儒家陸象山為例。他對他的學生有深厚的感情。他死的時候，他的靈魂被運回了他的家鄉，他的弟子們前來悼念近千名哀悼者。另壹方面，教師不註重知識的傳授，而是以情動人，以理服人，更註重以身作則的人格啟發。因此，他們經常愛和關心學生。以朱子為例。他白天忙於公務，晚上在學院裏講課。據說他“答非所問，不厭其煩，更多的是培養務實，而不是謙遜接近清高。”聽眾被真誠的到來感動了。」
尊重學術自由，摒棄教派觀點。
儒家作為中國的主流，歷來重視天下的道德情懷和和而不同的學術精神。這種觀點最能體現在書院而不是官學，因為政府為了治理方便，往往把思維標準化、簡單化，以方便操縱，這往往損害學術自由。相反，因為書院是民間發起的，所以更能體現學術自由的精神。因此，在古代書院發展的高峰期，學術界經常出現百花齊放、百家爭鳴的現象。南宋嶽麓書院原是湖湘學派張南軒的講學基地，但他邀請了不同學派的學者在書院講學。閩派朱子、永嘉派陳之齋都在書院講學，受到學生歡迎。此外，朱子主持白鹿洞書院，甚至邀請對手陸象山講學。雙方都表現出了包容的學術胸懷。此外，歷代書院還經常舉辦講座或講座，將不同流派的代表聚集在壹起，共同探討重要的學術問題，讓大家互相了解，互相交流，這可以與現代教育中學術研討會的理性交流精神相媲美。
提倡學術創新，否定陳主義。
在官學中，由於教學內容和考核標準都是政府嚴格規定的，學生很容易拘泥於教材，背誦章節和句子，不敢提出自己的不同看法。而在書院，由於課程更加靈活自由，無論是老師還是學者都可以自由發揮，勇於創新。以朱成的理學為例，它的興起與其暢所欲言的精神密切相關。比如教材方面，除了采用《詩》、《書》、《禮》、《易經》、《春秋》等五經外，還創新性地從《禮記》中取出《大學》、《中庸》兩部，列為《論語》、《孟子》。另外，即使教授傳統經典，也要註重從中發現新的思想，而不是墨守成規。