吸附沈澱
加入系統的磷主要殘留在土壤中，土壤顆粒對磷的吸收是壹個重要的轉化過程。對磷的去除途徑的研究表明，基質吸附和沈澱去除的總磷高達加入系統總磷的80%以上，是除磷的主要途徑。吸附位置(與介質顆粒的表面積成比例)和pH值。堿性基質含大量鈣的濕地和酸性基質含高濃度鋁、鐵的濕地對磷的吸附能力最強，磷通過與這些金屬反應而沈澱。例如，在高pH值下，鈣與可溶性磷反應生成磷酸鈣，磷酸鈣從溶液中沈澱出來。磷的吸附量還與水力傳導度和表面積有關。為了獲得高的水力傳導率，必須避免堵塞。比如作為濕地基質的土壤，可以去除98%的磷，但由於其導水率低，容易被堵塞。砂石的水力傳導度較高，但除磷能力低至20%，而富鐵礫石的除磷能力高達90%。
對植物的影響
濕地植物是濕地系統的重要組成部分，在汙水凈化過程中發揮著重要作用。濕地植物可分為漂浮植物、挺水植物和沈水植物。濕地植物的重要作用是將氧氣從上部輸送到根部，促進有機物的分解和硝化細菌的生長，達到去除汙水中氮等汙染物的目的。同時也能促進懸浮物的沈澱。植物可以直接吸收汙水中的可溶性磷，並通過定期收割植物將其從濕地系統中去除。研究表明，植物對磷的最大去除量約為9.1%。
人工濕地基質的種類、理化性質和配置影響著人工濕地植物的生長(蒸散量、生物量、根密度和根長)，進而影響著人工濕地的凈化能力。基質的理化性質影響植物的生長，以及植物根際的微生物活性，最終影響人工濕地的凈化能力。比如紅沙土的pH值是4.4。礦渣的pH值為12.3，不同植物的最適pH值不同。所以要根據基質的酸堿度來配置不同的植物。此外，基質的理化性質如含鹽量等對植物的生長也有很大的影響，如利用壹些含鹽量高的土壤作為人工濕地的基質或在鹽堿地建設人工濕地，選擇壹些抗鹽性強的植物，如鹽角草等。還應根據不同類型的人工濕地配置植物。表面流人工濕地可配置沈水植物、浮葉、漂浮植物和挺水植物，潛流和垂直流人工濕地可配置濕生植物和挺水植物。
對微生物的影響
人工濕地通過植物、土壤和微生物的共同作用去除汙染物，其中微生物是吸附和降解汙染物的主要生物類群和承擔者。加強對基質表面微生物的研究，了解其在濕地基質中的狀態，對於理解人工濕地去除汙染物的機理具有重要意義，並為濕地中大部分物理、化學和生物反應提供反應界面。