基因芯片的測序原理是雜交測序方法，即通過與壹組已知序列的核酸探針雜交進行核酸序列測定的方法，在壹塊基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探針。
當溶液中帶有熒光標記的核酸序列TATGCAATCTAG，與基因芯片上對應位置的核酸探針產生互補匹配時，通過確定熒光強度最強的探針位置，獲得壹組序列完全互補的探針序列。據此可重組出靶核酸的序列。
優點
1、在實際應用方面，生物芯片技術可廣泛應用於疾病診斷和治療、藥物篩選、農作物的優育優選、司法鑒定、食品衛生監督、環境檢測、國防、航天等許多領域。
2、它將為人類認識生命的起源、遺傳、發育與進化、為人類疾病的診斷、治療和防治開辟全新的途徑，為生物大分子的全新設計和藥物開發中先導化合物的快速篩選和藥物基因組學研究提供技術支撐平臺。
缺點：
1、技術成本昂貴、復雜；
2、檢測靈敏度較低；
3、重復性差；
4、分析泛圍較狹窄。
基因測序，壹種新型基因檢測技術，能夠從血液或唾液中分析測定基因全序列，預測罹患多種疾病的可能性，個體的行為特征及行為合理。基因測序技術能鎖定個人病變基因，提前預防和治療。
優點
1、壹種很好的治療手段；
2、基因測序技術能鎖定個人病變基因，提前預防和治療。
缺點
1、若全基因的檢測普及，含有基因缺陷的人的信息，壹旦落入被測者雇主的手中，將對他的生活產生不良影響。
2、而且基因測序而不確定是個性化治療的唯壹基礎，其他還包括基因治療等其他技術基礎。更重要的是，對於任何基因測序的設備來說，用於臨床前必須對其可靠性和可重復性做好完備的臨床試驗，並且取得FDA和CFDA的權威認證。
擴展資料
基因芯片，由於所使用的標記物不同，因而相應的探測方法也各具特色。大多數研究者使用熒光標記物，也有壹些研究者使用生物素標記，聯合抗生物素結合物檢測DNA化學發光。通過檢測標記信號來確定DNA芯片雜交譜型。
基因測序，本是壹種實驗室研究技術手段，因“名人效應”應用於高端體檢、產前診斷等領域，價格不菲。基因測序最廣為人知的，是影星安吉麗娜·朱莉通過基因檢測，選擇手術切除乳腺以降低患乳腺癌風險。2011年去世的蘋果公司創始人史蒂夫·喬布斯患癌時，也曾接受過全基因測序。
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