學術型碩士是全日制學習體制，學業完成的時間壹般為三年。專業碩士學習屬於半脫產型，學制為兩至三年。全日制專業碩士則也是全日制的學習體制，時間壹般也是兩到三年。另外，兩者在學費的標準上也有很大的差別。學術碩士錄取為國家計劃內的碩士生按國家規定享受免學費待遇。而國家計劃外錄取的考生則有委托培養或自籌經費的費用方式，不同的專業有所不同。從2007年開始，部分院校在國家教委的批準下，已試行取消研究生公費制度，取而代之的是以獎學金制度為鼓勵手段，讓更多品學兼優的學生獲得獎學金，完成學業期間的攻讀。專業碩士學費根據專業的不同，收費差別也有不同。並且，現階段這壹學位類型的學生不允許申請國家助學貸款。
由於培養的目的和傾向不同，兩類碩士考試最終的學位認可度也有著壹定的差別。普通碩士在學歷的認可度上略高於專業碩士的學歷認可度。
從復旦、交大、同濟等上海的壹些頂級名的實際情況來講，學術型與全日制專業型在具體學習中的側重和偏向，區分不是很大。在實際的學習中，同學學到的東西往往只跟導師以及參與的工作或項目相關。很多時候，學術型與專業型的同學合作組成團隊，做同樣的工作，學同樣的知識。所以有的老師會說：“兩者除了學費，其它沒有任何區別”。這個說法也是有其道理的。
總之學術型是全日制型的，而專業型分全日制和在職兩種的。全日制的可以碩博連讀或直博，而專業碩士就得考博了。學術型的更加註重於學術，教學之類的，是完全脫產的學習；專業性的更加註重應用能力。專業型碩士的學費更高壹些。其它沒什麽太大的差別