目前我國自動化倉庫使用中存在的主要問題是利用率低、效果不明顯、規模不確定、優勢突出，使得很多倉庫資源閑置，特別是壹些小批量、單壹產品的生產企業實現倉庫自動化，設施設備資源閑置和重復配置的矛盾突出。究其原因，主要有以下幾個方面:
由於缺乏對倉庫建設和規劃的充分調查和分析，使得自動化倉庫在建設前的設計和規劃存在重大決策問題。為了自動化，沒有研究分析自動化的必要性，建設完成後才發現對自動化的要求很低，利用率很小。
對提高倉庫作業機械化和自動化的思想認識不足，不願意使用配備的設備，對新型自動化倉庫缺乏信心，沒有把自動化倉庫放在重要位置，從而在思想上放棄了對自動化倉庫的研究和使用。
由於外部因素和形勢的變化，收發任務的變化，工作量的變化，貨物種類的變化，倉庫設備和管理系統沒有變化和升級，久而久之失去了原有的市場，倉庫處於閑置狀態。
人員素質跟不上，對機械操作人員和維修人員的培訓不夠重視，操作和維修人員的缺乏使得現有設備無法發揮應有的作用。在新倉庫的設計中，沒有考慮後續的維護和開發，限制了設備的使用和自動化水平的提高。安裝後部分系統出現故障損壞，配件和售後服務跟不上，維修非常困難。
積極應對措施
由於上述問題直接導致自動化倉庫使用頻率低，資源大量閑置，應積極采取對策改變現有狀況。
盤活資產，充分利用現有設備開發閑置資源，盤活資產存量，提高設備利用率，是物流業轉換經營機制過程中提高經濟效益的重要舉措。把閑置資源充分放到公開市場，打破行業和行政區域界限，讓市場有效合理配置資源。出臺相關政策，鼓勵專業機構運營閑置設備，拓展設備信息交流渠道，提升信息服務手段。通過正常渠道有償轉讓、出售、租賃、置換閑置設備。
盡量享受資源，防止不必要的資源浪費。研究和推廣現代物流管理和運作模式，將生產流程與自動化倉庫技術相結合，提高內部物流速度。利用網絡技術發展電子商務，實現物流手段現代化和組織網絡化，充分利用外部相關行業和企業的資源，真正實現物流經營規模化，資源共享，風險共擔，與制造商、批發商、零售商共建使用自動化倉庫，成為庫存商、分銷商、運輸商、轉運商、配送加工基地和自有物流基地的備份。為社會提供第三方物流服務，形成完整的物流配送體系。在最短的時間內完成任何區域(包括國際)的物流任務，使物流成本合理，盡可能進行橫向聯盟，開放各自的物流資源，增加市場份額。
全面提高員工素質，完善自動化倉庫管理機制。要實現物流設備的高效利用，需要有適宜的物流環境和科學的管理，這都需要高素質的人才。在目前缺乏實踐經驗的情況下，可以采取“走出去，請進來”的方式，到發達國家學習，邀請專業人士或高校老師介紹經驗，傳授知識，舉辦學習班等。，或者招技工院校的物流專業人才，盡快解決操作工和維修人員的不足。做好消化吸收工作，使其盡快國產化，滿足市場需求。
自動化倉庫是物資流通中的壹個關鍵單元，發揮著重要的作用。“自動化倉庫壹建就建”在發達國家已經成為必然。中國經濟逐漸融入世界經濟，成為全球加工基地。然而，目前我國自動化立體庫市場總體情況是供大於求，普遍利潤較低。自動化立體庫是加工企業需要的二線或三線設備，長期來看蘊含著巨大的商機。