內部控制的方法包括組織控制、業務控制、人員控制、檢查控制和設施設備控制。涉及到企業的采購周期、銷售周期、薪資周期。財務管理周期(包括投融資決策)，這五個周期涉及企業的各個領域和交易。
20世紀70年代初，在調查水門事件的過程中，美國政府發現壹些公司賄賂壹些外國官員，以便進行貿易和維持貿易關系。為了掩蓋這些非法支出，他們往往偽造會計記錄或設立賬外記錄。有鑒於此，美國政府在1977之後，以立法的形式在《反海外賄賂法》中頒布了“每個公司都必須設計並建立有效的內部控制制度”。這是第壹次將內部控制制度的建立強制納入法律管轄範圍。同時，在短時間內，審計人員需要依靠被審計單位的相關內部控制制度，對被審計單位的財務狀況和經營情況做出正確的評價。否則，審計風險將難以控制。因此，審計與內部控制的聯系越來越緊密。
隨著對外開放的深入，審計理論和方法也在逐步更新。原來對會計信息的詳細審查已逐漸被基於內部控制制度評價的審計方法所取代，在國外俗稱為制度基礎審計或風險基礎審計。這是通過評價被審計單位內部控制的存在性、合理性和有效性來確定審計重點和範圍的壹種方式，從而達到對單位進行整體評價的目的。為了保證審計評價的客觀性和公正性，審計人員必須掌握控制點。所謂控制點，是指在經營活動過程中，由於容易發生錯誤而需要控制的關鍵環節，任何壹項經營活動都可能有幾個控制點。要求企業采取不同的控制措施來保證內部控制目標的實現。
近年來，加強企業內部控制因其在經營管理中的重要性越來越受到各級管理者的重視，這為內部審計提供了良好的外部環境。然而，也應該註意到，內部控制的目標並不總是能夠實現。再完善的控制體系和組織設置，如果沒有得到管理層的有效執行，結果只能等同於沒有控制，容易導致錯誤的行為。如果能采取有效措施監督和限制違反內部控制的行為，就能保持良好的控制。
根據近幾年審計工作的經驗，很多企業控制制度表面看起來很完善，但實際執行效果並不理想。如果規定要通過招標選擇供應商，但如果每次都是相同的供應商參與投標，招標就起不到真正的作用。因此，建立和完善相關的內部控制制度和運行機制固然重要，但更應註重加強對制度執行者和執行效果的監督。建立集體領導決策機制，充分發揮股東大會、董事會、監事會和外部專家機構在經營決策中的作用，避免決策失誤和投資效益低下。特別是對於壹些業務經營多元化的大型集團公司，由於其投資範圍廣、資金投入大、投入產出周期長，加強對領導幹部和重要崗位人員的經濟責任考核，加強對各級領導幹部正確行使權力的監督尤為重要。作為審計人員，更應該關註這方面，確保各項制度在企業經營活動中發揮應有的作用，避免制度流於形式，成為壹紙空文。
為了建立嚴格的內部控制制度，企業必須首先建立現代企業管理制度。摒棄家族企業的管理模式，放權，聘請有能力、有才華的管理者全權管理企業。同時，在財務上，要建立嚴格的財務管理制度，充分發揮財務的內控功能，讓企業在經理制和財務監控的軌道上健康有序地運行和發展。