1、電子文件檔案的歸檔時間與傳統檔案不同。電子文件檔案可以在文件辦理結案後隨時歸檔，或在某壹時間周期定時統壹歸檔，由文件形成部門通過網絡傳送給檔案部門，並用電子數碼簽名封簽認證，由檔案工作人員接收登記，按事由原則給出檔案分類號，設定訪問限制級別，以便將來用戶查找利用。這樣隨時歸檔，壹方面可以避免文件漏歸，保證歸檔率和完整率，另壹方面也符合電子文件自身的特點，快速便捷，還可以避免檔案的流失和病毒的破壞。
2、電子文件的歸檔方式與傳統檔案不同。電子文件由於采用電子編碼技術，可以編輯修改而不留痕跡，載體無法固定，某些鑒別文件原始憑證性的關鍵信息也可以更改，這些都使電子文件的原始憑證性辨別變得復雜而困難。因此，電子文件在形成過程中要隨時進行數字簽名、信息認證、身份驗證和加密保護，保證文件在傳輸、處理過程中不會出現錯誤，以確保檔案部門收到的電子文件的原始性、真實性和準確性，保證電子文件的法律憑證地位。
3、電子文件在保管方式上和傳統檔案有差異。電子文件載體易老化變質及信息多媒體、新存貯介質的產生和發展，都會影響電子文件的長期可讀性。檔案部門可以在接收到電子文件後打印出壹份紙質檔案以作備份，但最終的解決辦法還是需要計算機技術的發展和文件形成部門的配合，檔案部門在接收到電子文件後對文件進行格式轉換，以通用、統壹的格式存儲接收到的電子文件檔案，以便將來計算機技術發展後，仍能讀取以前存儲的檔案，保證信息資源方便利用。
4、電子文件的分類、編目等管理方式與傳統檔案不同。因為電子文件的特殊性，可以達到文件壹級的管理，所以，檔案部門在接收到文件同時，可以馬上給每份文件編制壹個唯壹的文件號，並給出相應的分類號和檔案號，根據上下行文之間的關系，再給出相關文件號，在歸檔的同時進行主題詞標引、著錄。技術條件允許時可以編制多角度、全方位的檢索工具方便檢索查詢信息。用戶只須給出文件分類號或主題詞，即可以找出相應的文件和相關的上下級行文及附件，從而大大減輕檔案工作人員的勞動強度。
5、電子文件查詢利用方式和傳統檔案不同。只有符合壹定條件，利用者才能註冊、登記成為電子文件中心或電子檔案館的會員，會員就可以通過遠程登錄等方式，經電子文件中心進行確認身份並確定查閱權限獲得許可後，才可以查詢有關的電子檔案信息，並要進行借閱登記和繳納查詢費用。