從食品安全的角度來說，水培通常是在良好的條件下進行的，不使用冷門除草劑和其他有害物質，比傳統作物更安全。此外，即使水培使用的營養液在惡劣的環境中受到汙染，也可以通過更換新鮮幹凈的溶液來輕松改變生長環境。相比之下，在傳統農業中，需要很長時間才能恢復。如果土壤被核或二惡英類毒素汙染，需要幾年甚至不可能恢復。雖然水培也有微生物問題，但相比傳統的土壤耕作，麻煩少，事故少，更容易控制。而且無土栽培的生長環境往往是可控的，壹般都是室內，農作物和蔬菜不太容易受到蟲害，自然就不需要打農藥，從而提高產量。
優勢:
1，出於土壤汙染。目前，我國耕地土壤重金屬點汙染已超過19%(數據來自國土資源部)。同時，傳統土壤種植幾十年來使用了很多不可降解的農藥，也造成了土壤汙染。
2.沒有除草劑。水培蔬菜全部生長在泡沫板的開口處，沒有雜草生長的空間，客戶也就免去了使用除草劑的顧慮。種植者也節省了除草劑的費用。
3.快速增長。水培蔬菜的根漂浮在水中，沒有生長阻力。根系發達，吸收養分能力強，作物生長速度超過土壤栽培。
4、病蟲害壓力小。土壤是病蟲害的溫床。沒有土壤，作物病蟲害壓力小，農藥用量減少。
5.節省勞動力。沒有土壤，就不用翻土、施肥、澆水。
缺點:
1，前期投入大。水培要靠基礎設施，不像土培，挖個坑就能實現。需要建造水培設施。
2.功耗高。水培需要循環營養液，有些水培方式，比如魚和蔬菜，需要充分充氧。兩者都耗電。
3.環境濕度很高。水培都是在溫室裏，水體大，蒸發量大，溫室潮濕。容易產生嗜濕細菌性疾病。
4.成本高，銷售難。水培蔬菜的成本比本地蔬菜高，價格也高。傳統營養液水培是將各種肥料混合在水中。消費者對這種長在水裏的肥料蔬菜沒有額外的好感，價格也比當地養殖的蔬菜高，很難賣出去。
目前國內已經出現了魚菜有機營養液栽培模式，個人認為值得關註和探索。