CIPS人民幣跨境支付系統是人民幣跨境支付清算業務的專用支付系統。在實際操作中，間接參與者不能通過CIPS直接辦理跨境支付業務。CIPS系統主要負責跨境人民幣的清算。
該系統於2012年4月開工建設，2015年10月8日正式上線。2018年3月26日，CIPS系統(二期)成功投產。CIPS系統主要有以下特點:(1)運行時間為5×24小時+4小時，實現全球所有時區金融市場全覆蓋；(2)采用實時全額結算和定期凈額結算，滿足參與者的差異化需求；(3)采用國際通用的ISO20022報文標準，充分考慮與SWIFT報文的轉換需求，方便跨境業務的直接處理，支持未來業務發展需求，提高清算效率。因此，CIPS可以在很大程度上解決HVPS的不足，提高人民幣跨境支付結算效率，促進人民幣國際化。為了從之前的“清算行模式”和“代理行模式”平穩過渡，CIPS參與者分為直接參與者和間接參與者。然而，與代理行模式不同，CIPS為每個參與者分配壹個系統行號，作為其唯壹標識。
2.以CIPS的客戶匯款業務為例，主要流程如下:(1)在CIPS系統業務準備階段的規定時間內，直接參與者通過HVPS向CIPS賬戶註入最低金額資金，完成向CIPS賬戶註資；(2)直接參與者向CIPS發起“客戶匯款報文”；(3)CIPS收到消息後，對消息進行檢查，如果檢查通過，則檢查服務隊列；(4)當沒有優先級更高或相同的排隊業務時，CIPS檢查發起直接參與者的CIPS賬戶可用余額是否大於或等於交易金額。如果可用余額足夠，借記發起直接參與者CIPS賬戶，貸記接收直接參與者CIPS賬戶(實時全額結算方法)。