由於我國內部審計是壹種行政命令的產物，早期形成了片面強調存在作為國家審計基礎的內部審計模式。這種審計模式實際上導致了人們對內部審計職能的模糊認識。我國大多數企業仍然只重視內部審計在監督和控制中的作用，而忽視內部審計的其他職能。許多企業的內部審計僅限於財務審計。主要是履行監管職責。審計人員帶著對被審計單位的不信任開展工作，在工作過程中缺乏與被審計單位的良好溝通，極易形成對立局面。內部審計師被認為是吹毛求疵者、內部經濟警察或領導的眼睛。許多企業及其管理當局對內部審計機構的設立不理解甚至有抵觸情緒，內部審計難以融入其整體管理。所以審計人員和被審計單位之間自然存在沖突。被審計單位敵視“檢查式內部審計”，內部審計人員與企業其他業務職能部門隔絕。
長期以來，內部審計以“警察”的身份出現，突出“監督”職能，忽視“服務”職能，不註重企業的經濟效益和長遠發展。導致內部審計工作難以正常開展，更談不上履行分析評價職能和開展鑒證咨詢活動，未能充分發揮其應有的內向服務作用。這樣，內部審計機構在企業中就被忽視了，這已成為我國內部審計工作的通病，不僅不利於內部審計的健康發展，也使其越來越不適應企業發展的需要。
2.服務功能供給不足，不能滿足經營戰略和風險控制的需要。
隨著市場經濟的不斷發展和完善，企業經營風險的不斷增加，我國越來越多的企業開始要求其內部審計部門突破傳統的管理和規章制度，承擔更廣泛的職能。而內部審計師提交的審計報告側重於對審計發現問題的描述，對審計建議重視不夠。此外，長期忽視後續審計工作，導致審計結果沒有發揮應有的作用，更談不上為組織增值。大多數企業的內部審計職能範圍過於狹窄，不能與大多數股東的期望和企業的經營戰略相結合，為企業創造價值的價值有限。企業管理的外向性和復雜性。企業面臨的風險收益增加。以至於只提供監督職能的內部審計離我國現代企業發展的需要越來越遠。在這種情況下，我國壹些企業將內部審計的壹些領域外包出去。這就給了企業內部審計部門壹個信號:如果不能增強工作的主動性和建設性，就不能圍繞經營風險的識別、評價、控制和防範開展審計工作，提供優質服務。內部審計的業務範圍和我們應該發揮重要作用的領域會受到外部獨立審計的侵蝕。
3.過時的審計方法和落後的手段與不斷拓展的審計職能的需要之間存在很大差距。
從我國內部審計的情況來看，大多數內部審計人員只有會計或工程等單壹學歷，綜合素質不高。因此，大部分審計方法仍處於賬項審計和人工審計階段，工作方法和手段過於陳舊，不利於審計效率和質量的提高以及審計領域的拓寬，尤其是在審計部門人少事多的矛盾十分突出的情況下。工作往往僅根據審計人員的個人經驗和專業判斷，采用隨機抽樣的方式進行，很少使用統計抽樣和計算機輔助審計軟件。審計工作的風險無法量化；以事後審計和靜態審計為主，很少進行事前審計和事中審計，不利於審計部門及時發現問題，提出改進措施，避免損失。