農藥殘留檢測方法有光譜法、酶抑制法和色譜法。
1、光譜法是根據有機磷農藥中的某些官能團或水解、還原產物與特殊的顯色劑在特定的環境下發生氧化、磺酸化、絡合等化學反應,產生特定波長的顏色反應來進行定性或定量測定。檢出限在微克級。
它可直接檢測固體、液體及氣體樣品,對樣品前處理要求低、環境汙染小,分析速度快。但是,光譜法只能檢測壹種或具有相同基團的壹類有機磷農藥,靈敏度不高,壹般只能作為定性方法。
2、酶抑制法是根據有機磷和氨基甲酸酯類農藥能抑制昆蟲中樞和周圍神經系統中乙酰膽堿的活性,造成神經傳導介質乙酰膽堿的積累,影響正常神經傳導,使昆蟲中毒致死這壹昆蟲毒理學原理進行檢測的。根據這壹原理,通過將特異性抑制膽堿酯酶(ChE)與樣品提取液反應,若ChE受到抑制,就表明樣品提取液中含有有機磷或氨基甲酸酯農藥。
3、色譜法是農藥殘留分析的常用方法之壹,它根據分析物質在固定相和流動相之間的分配系數的不同達到分離目的,並將分析物質的濃度轉換成易被測量的電信號(電壓、電流等) ,然後送到記錄儀記錄下來的方法。主要有薄層色譜法、氣相色譜法和高效液相色譜法。
快速檢測技術：
但是傳統的GC/MS等農殘分析技術檢測成本高、時間長，這就給食品安全監管部門對農產品產前、產中、產後的監督工作帶來了許多不便，因此也催生出大量的快速農藥殘留的檢測技術，常見的有化學速測法、免疫分析法、酶抑制法和活體檢測法等。
1、化學速測法，主要根據氧化還原反應，水解產物與檢測液作用變色，用於有機磷農藥的快速檢測，但是靈敏度低，使用局限性，且易受還原性物質幹擾。
2、免疫分析法，主要有放射免疫分析和酶免疫分析，最常用的是酶聯免疫分析（ELISA），基於抗原和抗體的特異性識別和結合反應，對於小分子量農藥需要制備人工抗原，才能進行免疫分析。
3、酶抑制法，是研究最成熟、應用最廣泛的快速農殘檢測技術，主要根據有機磷和氨基甲酸酯類農藥對乙酰膽堿酶的特異性抑制反應。
4、活體檢測法，主要利用活體生物對農藥殘留的敏感反應，例如給家蠅餵食樣品，觀察死亡率來判定農殘量。該方法操作簡單，但定性粗糙、準確度低，對農藥的適用範圍窄。