1.傳統分類學派
這個學派代表了更古老或傳統的思想和方法。早期的分類學家雖然完全支持並直接實現了進化理論，但也覺得尋求系統發育關系是分類學家義不容辭的責任。但由於缺乏統壹適用的原則和方法，在實際工作中很難建立統壹全面的系統發育關系。因此，分類學家往往根據自己的經驗或對該類群深入研究所得的直觀印象建立不同的分類系統，這些系統不壹定反映系統發育的現實，而主要用於分類實踐。沒有統壹的標準，理論依據往往模糊不清。在世界範圍內，在學術態度上明確支持這壹觀點的人越來越少，但在實際工作中仍占很大比重。這個學派的現代代表人物是美國的R、E和Blsckwelder。
2.分支系統學派
分支系統學派的理論是由德國昆蟲學家亨寧創立的。20世紀60年代，亨寧的代表作出版後，在動物分類學領域引起了廣泛關註，其理論的許多部分也因為方法論的嚴謹而越來越被分類學家所接受。
3.進化分類學派
進化分類學派以梅、辛普森等人為代表。這個學派基本接受分支學派的方法，通過分支分析(即分支分析方法)來重構系統發育。分支系統學派和進化分類學派是動物分類學領域的主流。這兩所學校的區別如下。
1)進化分類學派認為，在建立系統關系時，單純依靠血緣關系(即分支順序)是無法完全概括進化過程中出現的所有情況的。分支之間的進化程度仍然需要考慮。
2)進化分類學認為所有起源於同壹祖先的分類群都是單系或單系的。
3)在方法論上，進化學派認為生物分類學家的工作是分離出實際的特定動物類群，分支學派的方法包含了過多的形式邏輯元素，過於先驗。
4)在分類體系的安排上，進化學派指出，分支學派的實踐中分級的層次太多，使得體系過於臃腫，無法用於實踐。
4.數字分類學派
數量分類學派起源於本世紀初植物分類學家(Adanson)的工作。計算機技術發展後，由Solca和Sneath開發，形成了今天的系統。
數值分類學派認為其他學派在分類中對各種特征賦予不同的權重(即沒有平等對待各種特征的重要性，而是認為壹個特征重要，壹些特征不重要，等等。)，這太主觀不科學了。他們認為特征不應該被賦予任何權重。大量未加權特征得到的整體相似度可以反映分類單元之間的相似度。