在圖像配準過程中，控制點信息是主要的處理對象。控制點是指能代表圖形某壹位置的點，其實際值和理論值是已知的或可得的。例如，通常選擇經緯網的交點或圖形中正方形網的交點作為配準的控制點。在MSI影像中加入幾何控制點信息後，MSI影像可以有地理坐標，每個控制點由控制點編號、校正點X坐標、校正點Y坐標、參考點X坐標、參考點Y坐標、計算殘差和控制點狀態組成，其中控制點編號代表控制點的編號，校正點X和Y坐標是控制點在MSI影像上的位置，采用影像坐標系。參考點的X、Y坐標是控制點在參考文件中的位置，采用地理坐標系。殘差表示校正圖像中控制點的實際值與理論計算值之間的差值，單位為像素。壹般殘差要控制在0.5像素以內。控制點的狀態表示控制點是否有效，無效的控制點不參與校正操作。
圖像配準的壹般步驟如下:
1)選擇“文件”菜單下的“打開圖像”命令，選擇預先註冊的MSI圖像文件。
2)選擇鑲嵌融合菜單下的“打開參考文件”，使用“參考點文件”、“參考線文件”、“參考區域文件”命令，打開標準圖框對應的點、線、面文件。壹般需要打開點文件和線文件。
3)完成以上步驟後，系統會自動給出四個控制點，都是錯誤的，需要刪除。選擇“鑲嵌融合”菜單下的“刪除所有控制點”命令來刪除它們。
4)選擇“鑲嵌融合”菜單下的“添加控制點”命令，使系統處於添加控制點狀態，分別從校準文件和參考文件中選擇相應的控制點，點擊“空格鍵”確認。註意保證控制點的精度，控制殘差小於0.5像素。當控制點數小於3時，殘差是壹個無意義的數，不予考慮。當控制點數為3時，殘差會顯示為0，這個數字沒有意義。當控制點數超過3時，殘差具有實際意義。同時必須註意，在選擇第四個及以後的控制點的過程中，系統會給出校正文件的默認控制點位置，不可信，必須手動修改。對於精度不足的控制點，可以不參與糾正操作而刪除或作廢，也可以通過修改進行糾正。壹般來說，控制點的數量不能太多，但也不能太少。選擇9 ~ 12分為宜。
5)選擇“鑲嵌融合”菜單下的“校正預覽”命令，查看配準效果。
6)選擇“鑲嵌融合”菜單下的“圖像精校正”命令進行校正和配準。