2.以企業為中心的技術創新體系尚未形成。
新藥創新基礎薄弱，醫藥技術創新和科技成果快速產業化機制尚未完全形成，醫藥科技投入不足，國內缺乏具有自主知識產權的新產品，導致產品更新緩慢，重復現象嚴重。97%的化工原料品種是仿制產品。老產品多，新產品少；低檔、低附加值產品多，高科技、高附加值產品少；重復生產的品種多，獨家品牌少。有些產品如慶大黴素、撲熱息痛、維生素B1、甲硝唑等制劑是幾十家甚至上百家企業生產的。即使是新產品，重復生產的現象也很嚴重。如生產左氧氟沙星制劑的企業有34家，生產克拉黴素制劑的企業有35家。
應用高新技術改造傳統產業的步伐緩慢。大多數老產品技術經濟指標低，技術落後，成本高，缺乏國際競爭力。
3.醫藥流通體系不完善。
計劃經濟體制下形成的三級批發格局基本被打破後，新的有效的藥品流通體系尚未完全形成，非法藥品市場屢禁不止。加上生產領域多年低水平重復建設，大部分品種供大於求嚴重，流通秩序混亂，治理任務艱巨。但現在九州通、國藥控股、華潤等醫藥流通龍頭企業正在大規模合並商業公司，以改變目前的醫藥市場。
4.醫療器械的質量和性能很差。
中國能生產的醫療器械大多是常規的中低檔產品，附加值低，而臨床所需的高精尖醫療器械和新型實用醫療設備大多需要進口。常規醫療器械更新換代慢，科技含量低，產品質量不能滿足高質量醫療的要求，產品的返修率和停機率高於國外同類產品，產品的可靠性不穩定。
5.制劑品種與原料品種不匹配。
我國已是世界原料藥生產大國，但對藥物制劑的技術開發研究不夠，制劑水平低，大部分制劑質量不高，難以進入國際市場；在國內，壹個普通的API只能做成三個制劑，而國外的壹個API可以做成十幾個甚至幾十個制劑；制備工藝落後，制劑產品質量穩定性不高。
6.醫藥產品進出口結構不合理。
我國仍未擺脫附加值低、汙染重的化學原料、常規手術器械、衛生材料、中藥材的傳統出口模式，而是進口昂貴的制劑和大型高檔醫療設備，高新技術產品出口比例低。
國際市場開拓力度不夠，信息渠道不暢，對國際市場信息反應遲緩。特別是缺乏共同開拓國際市場的意識和機制。