印尼基礎設施建設發展相對滯後，是制約印尼經濟增長和投資環境改善的壹個主要瓶頸。與此同時，加強基礎設施建設也是保證印尼經濟能夠 年均增長6%的重要因素。印尼是群島國家，與鄰國直接接壤較少，外界互聯互通主要通過海路、航空等方式。
陸路運輸比較發達的地區是爪哇、蘇門答臘、蘇拉威西、巴厘島等。 全國公路網在1989-1993年期間已經形成。印尼公路全長34萬千米（2014年），但公路質量不髙，髙速公路建設停滯不前。截至2013年底，高速公路總裏程不到1000千米。印尼將把高速公路建設列為重點工程之壹，計劃以爪哇島和蘇門答臘島為主，在全國建成總裏程5405千米的高速路網。
印尼鐵路所有權為國家所有，由印尼國有資產管理公司經營，大規模運輸任務都由鐵路承擔。印尼全國鐵路總長6458千米，窄軌鐵路長5961千米，爪哇島和蘇門答臘島鐵路運輸比較發達，其中爪哇島鐵路長4684 千米，占全國鐵路總長的73.6%。根據規劃，印尼將在爪哇地區發展南部鐵路以及貫通南北的鐵路線，並逐漸建設雙向鐵軌，在加裏曼丹和蘇拉威西地區將進行鐵路運輸的調研及準備工作，在雅加達、泗水、錫江和萬鴉佬地區考慮建設城市軌道交通。
全國有179個航空港，其中達到國際標準的有23個。開有國際航班、國內航班、朝覲航班、先鋒航班等。航空公司主要有Garuda 航空公司、Merpati航空公司、Lion航空公司、Sriwijaya航空公司。政府的空運業發展方案包括當前主要機場的維護、改進和擴建，以及新機場的建設和舊機場的替代，具體項目包括棉蘭、龍目機場建設項目。據2008年美國《世界概況》統計，印尼***有機場652個。為滿足日益增長的航空運輸需求，印尼交通運輸部計劃在2030年之前新建14個機場。
印尼水路運輸較發達，水運系統包括島際運輸、傳統運輸、遠洋運輸、特別船運。印尼全國有水運航道21,579千米，其中蘇門答臘5471千米，爪哇馬都拉820千米，加裏曼丹10460千米。印尼有各類港口約670個，其 中主要港口25個。雅加達丹絨不碌港是全國最大的國際港，年吞吐量約250 萬個標準箱，泗水的丹戎佩拉港為第二大港，年吞吐量為204萬個標準箱。 政府發展規劃主要集中在境內水運航線和港口的建設方面，包括加裏曼丹 地區的河運交通建設項目、建設壹系列渡口碼頭和湖泊碼頭。在海運方面，印尼政府希望盡快擴大其港口的貨物處理能力，使其與國家的整體經濟相匹配，解決由於裝卸能力不足導致的貨物滯留問題。未來數年內將開發25 個國際碼頭項目，為解決資金問題，印尼政府正在逐步放寬對港口的控制， 並計劃允許私人機構通過B0T方式建設和管理港口。