有機質含量是判斷土壤肥力的重要指標。土壤有機質和全氮與果實含糖量呈正相關，全磷和全鉀與糖酸比呈正相關。因此，選擇合適的有機肥是保證果樹良好生長和提高果實品質的重要條件。
1，傳統有機肥的施用歷史悠久，秋冬季節仍是大部分果園施用基肥的主要做法。在使用中，有用堆糞、雞糞、牛糞、豬糞、羊糞等禽畜糞便和人的糞便。
羊糞是壹種天然的綠色肥料，含有機質4% ~ 27%，比其他動物糞便多，富含氮、磷、鉀，糞質細，肥效高，屬於熱力肥料。
雞糞營養豐富，尤其是粗蛋白，有機質含量達到25.5%。經過適當的加工和利用，它可以成為壹種較好的綠色有機肥料。
豬糞含有機質15%，總養分含量低，碳氮比低(14∶1)，壹般容易被微生物分解，釋放出可被作物吸收利用的養分。
牛糞有機質含量為14.5%，風幹樣品中粗纖維含量為43.6%，氮、磷、鉀三元素接近1%。
由於傳統有機肥畝產量大，需要深挖深埋，勞動強度大，嚴重影響果農秋季施基肥和補充土壤有機質的積極性。此外，隨著果園工人的老齡化，傳統有機肥的施用受到了極大的挑戰，影響了果園的可持續生產。
2.稭稈還田種植綠肥傳統的種植果園的操作規程壹般要求挖深80厘米，寬80厘米的種植溝，溝內埋玉米或小麥稭稈。然而，在稭稈大規模還田的今天，上述操作已經很難實現。
種草制是日本、歐美等先進國家和地區首選的地面管理制度。日本果園的草覆蓋率在90%以上，歐美果園的草覆蓋率也在70%以上。
然而，生草系統在我國果園生產中的應用較少。很多果園主要以清耕和化肥為主，除草工作費時低效。有的果園使用除草劑，但生產的無公害程度降低，使用不當也會造成藥害。
果園種植綠肥不僅可以增加土壤有機質含量，減少土壤水分蒸發，調節土壤溫度，改善土壤理化性狀，提高養分利用率，而且可以改善果樹生長狀況，提高果園產量和質量，大大降低勞動管理強度，增加果園經濟效益。
土地承包後，隨著果園分解為家庭化的經營模式，種植綠肥很難獲得“立竿見影”的效果，費時費力。果園綠肥施用面積大幅減少，行間間作比例增加。這個措施還沒有普及。
3.商品有機肥的施用是以富含有機質的副產品資源，如畜禽糞便、動植物殘體等為主要原料，經過分解發酵制成的肥料稱為商品有機肥，不包括綠肥、農家肥和農民自制的有機肥。
在水產養殖業快速發展的今天，畜禽糞便作為商品有機肥的原料，在養殖場管理過程中添加了較多的石灰、粘土等用於環境衛生的物質，變相降低了營養成分。所以為了達到農業部發布的部頒標準，首先添加農作物稭稈進行共發酵，其次直接添加壹定比例的腐植酸原料，相應增加了生產成本。
有機無機復混肥雖然生產容易，但由於其有機質含量不高，如果作為果樹基肥，在實際生產中必須大量使用，甚至會造成“燒苗”等負面影響，施用成本大大增加。
4.生物有機肥的應用生物有機肥是指壹種兼有微生物肥料和有機肥作用的肥料，由特定的功能微生物和主要來源於動植物殘體(如畜禽糞便、農作物稭稈等)的有機物質組成。)並進行無害化處理和分解。
由於添加了枯草芽孢桿菌、解澱粉芽孢桿菌等有益菌種，可以分解利用土壤中的植物殘體，因此也被通俗地稱為“菌肥”。