園藝的起源可以追溯到農業發展的早期。根據考古發掘，在石器時代就已經種植了椰棗、無花果、橄欖、葡萄和洋蔥。在埃及文明的全盛時期，園藝生產也有所發展，如香蕉、檸檬、石榴、黃瓜、扁豆、大蒜、萵苣和玫瑰。在古羅馬的農業著作中已經提到了果樹的嫁接和貯藏，當時用雲母片覆蓋的原始溫室來促進蔬菜種植。貴族莊園除了種植蘋果、梨、無花果、石榴等各種果樹外，還種植了百合、玫瑰、紫羅蘭、鳶尾、萬壽菊等各種觀賞花卉。園藝在中世紀衰落了。
文藝復興時期，園藝在意大利再次興起，並傳播到歐洲各地。新大陸發現後，玉米、馬鈴薯、番茄、甘薯、南瓜、蕓豆、菠蘿、鱷梨、腰果、山核桃等園藝作物被廣泛引進。後來，貿易和運輸進壹步刺激了園藝的發展。
中國夏商時期農學和園藝學沒有明顯的分工。中國周園林開始作為壹個獨立的管理部門出現。當時園中種植的作物有蔬菜、瓜果、經濟樹木等。在戰國時期的作品中，有種植瓜、桃、棗、李等果樹的描寫。秦漢時期園藝有了很大發展。由於東西方交流日益頻繁，壹些園藝作物如桃、杏等傳到了西方。同時還從國外引進了大蒜、黃瓜、葡萄、石榴、核桃等。《漢書》記載，太官園冬季在室內種植蔥、韭菜等蔬菜，可見溫室文化在我國歷史悠久。南北朝時期在果樹的繁殖和栽培技術上有很多發明。唐宋以後，園藝尤其是觀賞園藝迅速發展，出現了牡丹、芍藥、梅花、菊花等許多珍貴品種。明清時期航運大開，銀杏、枇杷、柑橘、大白菜、蘿蔔等首先傳入國外，更多的園藝作物也從國外傳入。歷代王朝在溫室栽培、果樹繁殖和栽培技術、珍稀花卉品種培育以及園藝方面與各國的廣泛交流等方面都取得了巨大成就。
20世紀以來，園藝生產壹直朝著企業化經營的方向發展。包括果樹、蔬菜和觀賞植物在內的園藝產品日益成為人們改善食物營養、美化和凈化環境的必需品。果樹中的葡萄、橙子、香蕉、蘋果、椰子、菠蘿，蔬菜中的豆類，瓜果花卉中的切花、球根花卉等。在國際貿易中的比重也在增加。由於許多現代科技成果的應用，園藝產業的生產技術取得了飛速的進步。例如，植物激素為園藝作物的繁殖和生長調節提供了新的手段，組織培養技術使園藝作物的快速繁殖和脫毒育苗成為可能，塑料薄膜的廣泛應用極大地促進了各種園藝作物的保護性生產，控制光照處理為蔬菜和花卉的周年供應開辟了新的途徑。各種水果收獲機和收集器的發明，使園藝生產中迅速結束手工操作成為可能，遺傳學的進步正在把園藝作物的育種提高到壹個新的水平。現代園藝已經成為壹種綜合應用。同時，園藝生產技術的研究反過來又對植物生理學和遺傳學的發展起著強大的推動作用。