因為整個染色體系統大約有30億個核苷酸，生殖細胞形成前的交換和組合是隨機的，世界上沒有兩個人擁有完全相同的30億個核苷酸序列，這就是人類的遺傳多態性。盡管存在遺傳多態性，但每個人的染色體必定只來自父母，這是DNA親子鑒定的理論基礎。
傳統的血清法可以檢測紅細胞血型、白細胞血型、血清型和紅細胞酶型等。這些遺傳標記是蛋白質(包括糖蛋白)或多肽，容易失活，導致檢測結果不理想。此外，這些遺傳標記都是基因編碼的產物，多態信息(PIC)的含量有限，不能反映DNA編碼區的多態性，而且這些遺傳標記存在生理和病理變異(如A型和O型血的人感染大腸桿菌後可能出現B抗原陽性)。因此，其應用價值有限。
DNA檢驗可以彌補血清學方法的不足，因此受到法醫物證工作者的高度關註。近年來，人類基因組研究的進展日新月異，分子生物學技術也在不斷進步。隨著基因組研究向各個學科的不斷滲透，這些學科的進展達到了前所未有的高度。在法醫學中，STR基因座和SNP基因座的檢測分別是第二代和第三代DNA分析技術的核心，是繼RFLPs(限制性片段長度多態性)VNTRs(可變數目串聯重復序列多態性)研究之後發展起來的檢測技術。DNA分析作為最先進的刑事生物技術，為法醫物證檢驗提供了科學、可靠、快速的手段，使物證鑒定從個別排除過渡到同壹鑒定的水平。DNA檢驗可以直接認定犯罪，為偵破殺人、強奸殺人、肢解、強奸致孕等重大疑難案件提供準確可靠的依據。隨著DNA技術的發展和應用，DNA標記系統的檢測將成為破案的重要手段和途徑。作為親子鑒定，這種方法已經非常成熟，也是國際公認的最佳方法。
親子鑒定的準確性
DNA親子鑒定是目前最準確的親子鑒定方法。如果孩子的基因位點與被測男子的基因位點不壹致(至少1)，那麽該男子將被排除100%的血緣關系，即永遠不能成為孩子的父親。如果孩子和父母的所在地壹致，我們就可以得出父母關系大於99.99%的可能性，也就是證明他們之間的親屬關系。