第壹，當時的醫學教育也繼續繼承了許多儒家的仁愛、中庸、至誠、平衡等人文思想。而且是受了不想當好醫生就當好醫生的影響。當時大多數掛壺的人都叫儒醫，尤其是代代相傳的儒醫。隨著儒醫的增多，著書的醫生比以前明顯增多，各種醫書不斷產生，其中不乏通俗醫書，在壹定程度上豐富了教學內容，促進了中醫教育的發展。
第二，明中葉王陽明良知、知行合壹的教育思想也對醫學教育，尤其是民間醫學教育產生了深遠的影響。例如，在學習過程中，民間醫學教育中的師徒模式(包括傳家寶、學徒制、私塾等。)不僅比官辦的醫學教育有更多的實踐和經驗積累，而且思維更加靈活，註重個人理解，與王陽明的教育思想高度壹致。
第三，明末西學東漸後逐漸出現了以經世致用為價值核心的實學新思想，對明清時期醫學教育的發展也起到了積極的推動作用。這種提倡實際應用、實事求是、講求實效的新儒家思想，進壹步推動了中醫的理論思維，使中醫更加註重臨床療效，進壹步促進了中醫臨床與中醫教育的分科。與此同時，各種臨床著作和方劑學書籍中記載的方劑數量和種類也顯著增加，中醫在臨床實踐和辨證診斷方面取得了顯著進步。
第四，回歸原始經學，大力提倡尊經復古的考據學和繁瑣的考證學，成為研究的必經之路，以至於當時的醫生無法用文字治療《內經》以外的疾病和傷寒。雖然儒家的這種考證思潮客觀上促進了中醫經典著作的研究，在文獻整理和研究方面取得了壹定的成績，但這種尊經復古的觀念和學術思想嚴重制約和阻礙了中醫的創新和發展。
第五，清代的醫學教育只能固守前朝的傳統模式，隨著社會的衰落而萎縮甚至瀕臨崩潰。縱觀清代中醫教育的課程設置，從太醫院的講堂到中醫學院，始終沒有發現對人文課程的重視。從清初的中醫專科教育到清末的中西醫學校，中醫教育中以教授傳統經典為主，人文課程較少，中國傳統文化講座較少。
資料來源:《明清中醫教育論》，陶偉？-?貴陽中醫學院學報？-?2010