1.營養。部分企業發酵有機肥由於原料或發酵生產工藝營養成分含量低，營養成分不達標。另外，有的工廠連實驗室都沒有，於是壹批產品進入市場。有些企業發現營養素不夠，卻不願意加化肥補充，也使得這些產品流入市場。沒有肥料登記證的企業生產的產品不在市場上流通，壹般直接面向用戶，監管起來特別困難。
2.ph ~ ph。
3.氯離子含量。
4.含鹽量。含鹽量高的肥料就像在有限的田地上撒了壹包鹽，農作物受到的影響很大。
5.陽離子交換能力。而未腐熟的有機肥甚至是曬幹後出售的糞肥，陽離子交換容量極低，無法發揮應有的緩沖作用。反之，還會危及土壤本身的緩沖作用，造成作物生長障礙。
6.腐植酸。新鮮原料中幾乎沒有腐植酸。腐植酸是在有機肥發酵過程中不斷產生的，特別是在高溫發酵(50℃以上)過程中。
7.小分子脂肪酸。Ciavatta等人認為低級脂肪酸對種子萌發和植物生長有不利影響。它帶來的危害是小分子脂肪酸會抑制種子發芽和根系生長。
8.重金屬。重金屬會在植物中積累，最終通過食物鏈向人集中，對人造成傷害。同時，重金屬也會對農作物的生長造成損害。
9.有害微生物。堆肥溫度在50℃以上不少於5天，可殺滅病原菌和蟲卵，達到無害化。如果溫度達不到50℃以上或時間過短，大部分蛔蟲卵和大腸菌群無法殺滅，影響農作物健康生長。
第二類:有機肥使用效果差，與肥料推銷員的誤導性宣傳有關，也與使用者自身的知識和習慣有關。
第二類:使用方法不對。
1.追肥。用戶使用有機肥作為追肥的肥料，未能及時覆蓋土壤。肥料只在土壤表層，不能與土壤充分接觸，不能改良土壤。另外，有益微生物無法發揮作用，營養物質也會隨水流失。有機肥的緩沖能力、松土、保水透氣、保溫保肥等功能無法體現。
2.有機肥與農作物直接接觸。這樣做的後果就是種子出苗後會腐爛死亡，農作物會枯萎甚至死亡。
3.直接用新鮮糞便~燒根