1，汙漬的危害
紙質檔案在保管和利用的過程中，特別是在查閱和整理的過程中，由於不良的環境條件或人為因素，以及檔案人員或使用者的粗心大意，會造成檔案的損壞，有時會沾上泥斑、油斑、蠟斑、黴斑、鐵銹斑等。這些汙漬壹旦沾上，很難徹底清除，不僅影響紙張美觀，還會影響字跡的清晰度，嚴重的還可能腐爛，導致重要的檔案信息丟失。
2、受環境影響。
紙質檔案易碎，在交接過程中如果不能保證保存條件，很容易受到外界環境的影響。比如在運輸過程中，紙質文件會因為高溫、高濕、灰塵、有害氣體等原因丟失。
但是，目前政府和部分企事業單位對檔案建設重視不夠，財政投入不足，紙質檔案保管條件差，相關設備設施不全，部分檔案管理人員缺乏檔案保護的專業知識和技能，使得紙質檔案的保管仍存在嚴重隱患。
3、紙質檔案在使用中的隱患。
紙質檔案在辦館或外借時，受人為因素影響較大，且由於檔案的特殊性，壹旦丟失很難找到。同時，在檔案的利用中，部分用戶素質低下，長期占用檔案，不及時歸還，容易造成檔案的流失，直接導致紙質檔案收集不完整、不規範。
此外，壹些部門缺乏檔案觀念，為了利用方便，拖延移交應歸檔的檔案，造成檔案丟失或檔案內容泄露。紙質檔案不能完整歸檔，直接影響檔案信息資源的建設、開發和利用。
4.檔案管理員缺乏專業的檔案保護技能。
近年來，檔案管理人員隨著社會需求不斷增長，但檔案修復人才仍然匱乏。檔案修復工作失去了人才的支撐，出現了斷層現象，不能滿足檔案管理人員的實際需要。新培養的檔案修復人才，由於缺乏長期的實踐和系統的訓練，壹時還難以發揮作用。
5.書寫材料影響紙質文獻的保存期限。
紙質檔案的書寫材料是指書寫或印刷在紙上的墨水或墨汁、墨汁、圓珠筆、復寫紙、印臺油、技術圖紙上的線條材料和藝術繪畫制品。這些文字材料受自身性質和外部環境的影響，會褪色、擴散、模糊，直接影響檔案的保存和利用。