1，光合菌群(需氧和厭氧)。如光合細菌和藍細菌。它有光合作用和固氮作用。它屬於獨立的營養微生物，可以自我增殖。菌體本身含有60%以上的蛋白質，富含維生素、輔酶Q10、抗病毒物質和促生長因子；它以土壤接受的光和熱為能源，將土壤中的硫和氫與碳氫化合物中的氫分離，將有害物質變為無害物質。它利用植物根部的分泌物、土壤中的有機物質、有害氣體(硫化氫等。)、二氧化碳、氮氣等。作為合成糖類、氨基酸、維生素、含氮化合物、抗病毒物質和生理活性物質的基質，是肥沃土壤、促進動植物生長的重要力量。
光合細菌的代謝產物可以被植物直接吸收，也可以成為其他微生物繁殖的營養物質。如果光合細菌增殖，其他有益微生物也會增殖。如VA菌根真菌以光合細菌分泌的氨基酸為食，不僅能溶解不溶性磷，還能與固氮菌共生，使其固氮能力倍增。
2、乳酸菌(厭氧)。嗜酸乳桿菌占優勢。它通過攝取光合細菌和酵母產生的糖來形成乳酸。乳酸具有很強的殺菌能力，能有效抑制有害微生物的活動和有機物的快速分解。乳酸菌可以分解正常情況下不易分解的木質素和纖維素，消除未分解有機物帶來的種種弊端；合成各種氨基酸、維生素，產生消化酶，促進新陳代謝，具有融化不溶性無機磷的能力。
乳酸菌還能抑制連作障礙引起的病原菌的繁殖。當病原菌活躍時，有害線蟲會急劇增加，植物變弱，乳酸菌抑制病原菌，有害線蟲會逐漸消失。
3.酵母菌群(需氧)。它利用植物根系產生的分泌物、光合細菌合成的氨基酸、糖類等有機物產生發酵動力，合成促進根系生長和細胞分裂的活性物質。原EM露中的酵母為促進其他有效微生物(如乳酸菌和放線菌)增殖所需的底物(食物)提供了重要的支持。此外，酵母產生的單細胞蛋白是動物不可缺少的營養物質。
4.革蘭氏陽性放線菌(需氧)。它獲取氨基酸、氮等。由光合細菌為基質，並產生各種抗生物質、維生素和酶，可直接抑制病原菌。它可以提前獲得有害黴菌和細菌繁殖所需的基質，從而抑制它們的繁殖，為其他有益微生物的繁殖創造生存環境。放線菌與光合細菌混合的殺菌作用遠大於放線菌單獨戰鬥。它能降解難降解物質，如木質素、纖維素、甲殼素等。，且易被動植物吸收，增強其對各種疾病的抵抗力和免疫力。放線菌還能促進固氮菌和VA菌根真菌的增殖。
5.發酵系統的絲狀菌群(厭氧)。酒精發酵中使用的曲黴是主體，可以與其他微生物共存，特別是對於土壤中酯類的形成。由於其強烈的酒精生產，它可以防止蛆和其他害蟲，並消除惡臭。