凡事有利有弊。壹個系統也是如此。落在紙面上的那壹刻，就說明有漏洞。專利權無效宣告制度的存在使本不應取得專利權的專利無效，但也可能使合法有效的專利權面臨被宣告無效的危險。畢竟在所有授權的專利中，合法有效的專利還是占絕大多數的。專利無效制度的存在使得任何人都可以出於各種目的請求專利復審委員會宣布專利無效。這使得合法專利權人面臨本不該承擔的訴訟負擔。
而且根據現行專利法的規定，自專利權被授予之日起，可以請求無效宣告，沒有具體的期限。這意味著專利權在整個保護期內處於壹種不確定、不穩定的狀態。比如專利被授予後，任何人都可以在18、19甚至第20年提出無效宣告請求。無效宣告請求壹旦提出，專利復審委員會就要再次翻出進行審查，這需要耗費大量的時間和精力。即使不應該授予這個專利權，也會因為取證或者各種復雜的法律關系，牽連到其他無辜的人。
解決專利無效制度弊端的方法有哪些？
如果僅僅依靠專利法第45條的規定，上述情況必然會大量存在，那麽如何將上述負面影響降到最低？專利法第46條和專利法實施細則第64條至第66條的出現是理所當然的。
專利法第四十六條規定“專利復審委員會對專利權無效宣告請求應當及時進行審查並作出決定，並通知請求人和專利權人。”這意味著專利復審委員會不壹定要受理請求人的請求，受理與否都有嚴格的條件。簡單來說，任何人請求宣告專利無效，都必須有充分的法律理由，否則專利復審委員會不予受理。這些理由包括無效宣告請求人必須對其請求承擔舉證責任，無效宣告請求應當結合提交的全部證據說明無效宣告的理由，無效宣告的理由應當有非常明確的範圍。通過這些規定，可以給專利權人壹個保護屏障，避免不必要的訴訟。隨著審查員水平的提高，相信根據各種具體現實，掌握寬嚴相濟的度，合法的專利權人會得到更好的保護。