1，安全問題。雖然網上支付的發展被普遍看好，但暴露出來的壹些網上安全問題仍然給網上支付蒙上了壹層陰影。不安全的壹個重要原因是壹些不法之徒猖獗。他們對互聯網虎視眈眈，通過建立虛假網站、發送虛假電子郵件甚至使用計算機病毒來騙取用戶的銀行賬戶、密碼和其他信息。
2.信用和相關知識的缺乏，使得企業和客戶普遍對網上支付結算的安全性和便利性持懷疑態度，對采用網上支付方式持謹慎甚至消極態度。
3.網上支付和電子銀行是電子商務中雙方結算的主要方式，這就要求改變過去傳統的支付結算習慣。但由於這種方式讓很多商家和客戶難以適應和接受，往往會對電子商務產生抵觸情緒。
4.網上支付和電子銀行需要完善的技術平臺和管理機制，其中應該有大量的高科技技術，很多銀行的技術和管理控制能力不足以支撐網上支付結算的可靠運行。這包括很多因素，包括網絡建設、寬帶、傳輸過程中的數據安全和國家管理制度。
5.電子商務中的網上支付和結算方式。針對國內很多隱患開發的網上支付結算工具，比如信用卡支付結算，都是各自為政，很難聯合使用。這些自帶隱患卡試圖與網站合作推出網上支付結算業務，客觀上造成信用卡只能用於網上結算，不能用於網間結算，給用戶帶來諸多不便。
擴展數據:
網上支付有以下特點:
1.網上支付利用先進技術，通過數字流通完成信息傳遞，各種支付方式都是數字化的。傳統的支付方式是通過現金的流通、票據的轉讓和銀行的匯兌來完成支付。
2.網上支付的工作環境是基於壹個開放的系統平臺(互聯網)；然而，傳統支付是在壹個相對封閉的體系中運行的。
3.網上支付使用最先進的通信手段，如互聯網和外網，而傳統支付使用傳統的通信媒體。網上支付對軟硬件設施要求較高，壹般需要聯網的微型計算機、相關軟件等配套設施，而傳統支付沒有那麽高的要求。
4.網上支付具有方便、快捷、高效、經濟的優勢。用戶只要有壹臺可以上網的PC，就可以足不出戶在短時間內完成整個支付過程。支付費用僅為傳統支付的十分之幾甚至百分之幾。
5.在線支付的技術支持。由於網上支付工具和支付流程的無形性和電子化特點，網上支付工具的安全管理不能依靠普通的防偽技術，而是通過用戶密碼、軟硬件加解密系統、防火墻等網絡安全設備的安全保護功能來實現。
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