傳統制度的影響。長期實行高度集中的計劃經濟體制，嚴重影響了我國政治、社會和文化事業的發展，造成政府高度集權，機構臃腫，人員臃腫。雖然經過幾次改革，政府的治理效率發生了變化，但長期的計劃經濟體制並沒有完全觸及政府治理的核心和本質，如機構的優化精簡、公務員的服務創新精神和各項政策的落實，制約了政府治理的規範化。
客觀條件的限制。改革開放以來，我國各級政府都強調經濟建設的重要性。但由於東西部地區經濟發展水平和部門、行業的巨大差異，政府很難做到公平治理。隱性的貧富分化和地位差異依然存在。此外，政府普遍存在的外部性問題阻礙了資源的合理配置，造成了中國經濟發展的不平衡，這與政府為人民謀公平的目標不符。從運行結果來看，民眾只是被動應對政府的治理，很少主動配合，降低了民眾對政府的支持度和滿意度。
政府職能錯位。政府職能的有效履行是提高政府治理效率的關鍵。但是，政府在經濟發展的關鍵環節中不能很好地定位自己，即應該由政府發揮作用的領域由於推諉和不負責任而沒有得到有效治理。不應由政府幹預的領域，由其他組織或公民個人安排。這種功能錯位無法為市場和社會提供有效的服務和公共產品，也造成了治理的高成本和低效率。公務員的權力和責任是不對等的。公務員應該把為人民提供有效的服務和豐富的產品作為自己的工作。但長期以來，政治家在中國總人口和從業人員中的比例較高，增加了政府支出。由於對其行為缺乏監督，工作考核難以量化，造成了公務員的權責不對等。法律制度的不完善和傳統觀念的束縛，導致公務員以追求自身利益最大化為主要目標，產生了腐敗成本低、利潤空間大、以權謀私、權錢交易、腐敗滋生等壹些不良現象，在缺乏社會監督和嚴厲懲罰措施的情況下，影響了政府的治理水平。
法律系統是落後的。市場經濟本身就是法治經濟，要求在市場經濟的競爭規則下合理配置和有效配置資源。然而，在市場經濟環境下，我國政府仍然缺乏完備的法律保障、健全的法律體系和機制、有限法律的靈活運用，難以適應不斷變化的市場經濟。在執法過程中，政府的執法意識和執法理念缺失，“人治”色彩在壹些環節和過程中依然存在，導致執法的隱蔽性和主觀臆斷性。壹些地方政府甚至破壞市場秩序，仍然采取地方保護主義和消極的治理態度，嚴重影響了我國統壹市場體系的建立。
治理方法過時且僵化。政府經常通過發布政策、督促檢查、宏觀指導、座談交流等方式，對經濟社會發展中的問題進行調整和糾正。治理成效明顯，但存在治理效果差、形式主義和經驗主義盛行、缺乏運用先進管理手段和方法實現政府治理創新的能力、許多任務難以落實等諸多問題。陳舊僵化的治理手段使得政府對當前突發事件的處理嚴重滯後，實施成本高，效率低，難以保證政府工作的全面開展。
經濟全球化的制約因素。信息技術的迅猛發展為經濟全球化提供了強大的推動力，使國際貿易迅速發展，金融市場迅速擴大，國際經濟技術交流不斷擴大。中國在科技實力、經濟發展水平和人才創新方面落後於西方國家。壹是為適應全球化，政府在經濟全球化的環境下提高了治理水平，增加了國際考察交流和對外貿易的成本；二是政府在經濟活動中的風險成本增加。國際貿易風險、投資風險、金融危機風險以及技術和創新風險都會影響政治治理的效果，導致資源、人才和產品流動性差，出現資源浪費、產品閑置、大量人員就業難等問題。