有機肥是壹種很好的土壤改良劑。在農田或退化土壤中使用有機肥，可以增加有機質，改變土壤結構，減少化肥的使用，減少土壤潛在的侵蝕。
2.改善土地利用。
相當壹部分農業有機廢棄物經過直接或簡單處理後仍用於土地，盡管它也具有肥料價值，並能起到改善土壤質量的作用。農業廢棄物有機肥的再利用具有以下優點:①由廢棄物中的氮轉變為更穩定的有機氮，雖然損失了壹部分氮，但剩余的氮往往不易淋溶揮發；②農業廢棄物初始碳氮比高或低，直接施入土壤後會導致土壤中氮素不足或過量，從而影響作物的生長。相反，堆肥有機肥的碳氮比趨於合理，更適合土地利用(腐熟有機肥理論上應趨於微生物細胞的碳氮比，即16左右)。壹般認為C/N從最初的25~30下降到15~20，說明有機肥已經成熟並達到穩定。PS:微生物每消耗25g有機碳，需要吸收1g氮)；(3)有機堆肥產生的熱量可以減少垃圾中雜草種子的數量，減少草害的影響。
3.減少汙染風險和氣味投訴
有機肥堆肥可以緩解這些問題。因為通常對有機堆肥產品有需求，其出路不再是問題。有機堆肥可以儲存和處理的特性使得它可以比糞便或其他原料運輸得更遠。壹個運行良好的有機堆肥設施，基本不會產生臭味，也不會滋生蒼蠅。
在城市化和大規模發展農業的過程中，有機垃圾開始成為負擔而不是財富。尤其是對於壹些農業養殖企業來說，由於沒有大面積的土地來吸收這些動物糞便，動物的數量遠遠超過了土地的承載能力，使得糞便的處理非常頭疼。
4.有機肥被用作栽培墊料的替代品。
許多研究表明，粉狀有機肥可以代替鋸末和稻草粉用作農場的墊料。
從動物福利和改善飼養環境的角度出發，認為飼養圈舍內應鋪設墊料，有利於吸收動物排泄物，減少環境汙染，也為動物提供了舒適的地面環境。
5.有機肥可以減少土傳病害。
人們發現，在沒有化學藥物控制的情況下，良好的有機肥可以減輕植物的土傳病害。有機肥的這種抑制病害的特性已經得到了廣泛的認可和贊賞。