水路運輸木材有三種方式:單漂、排運和船運(見木材運輸)。①單漂運輸:將單根原木或能漂浮的原木從河岸推入河中，借助水動力從上遊向下遊運輸。壹般不通航的中小河流采用這種水運方式。(2)運輸:是用索具將原木(圓木或圓木)連接成筏，進行運輸。它比單壹的漂白木材更容易操作和控制。在山區的小河裏，小而輕的木筏是人工放流的；在江河湖海中，它們被編織成大木筏，由拖船牽引。(3)航運:在木材水運中所占比重並不大，但隨著造船的發展會逐漸增加。海運木材的運費比排運高，但海運木材的運輸速度比排運快，而且安全，不易丟失。(見木船水上航行)
為了河道內木材的順利運輸，需要對河道進行整治，清除河道內的障礙物，設置必要的工程建築物，如誘導設施、堤壩工程、人工渠道等。(見河道整治和河道整治工程建築物)。此外，為了滿足水上作業的需要，在必要的地段設置羊圈、河堤等生產性工程建築物(見漂集工程)。
除了壹些工程設施外，還有大量的機械設備，如排列機、拆卸機、組合機、選水輸送機、過壩機、駁船、拖船等。
我國南方各省(區)河流密布，雨量充沛，水資源豐富，森林資源多分布在河流中上遊。因此，南方因地制宜發展木材水運適合我國國情，符合提高全社會經濟效益的原則。在水路木材運輸的幾種方式中，單漂運輸存在季節性強、流動周期長、途中木材易流失等問題，而且會幹擾航運，今後會逐漸減少，排放量特別是航運會逐年增加。