雜交水稻是由不同的水稻種子相互雜交產生的，水稻是自花授粉作物，不利於制備雜交種子。為了使兩個不同的水稻品種雜交，首先要將壹個品種的雄蕊人工去雄或殺死，然後將另壹個品種的雄蕊花粉給去雄的品種，這樣就不會出現去雄品種自花授粉的假雜交水稻。但是，如果技術人員用人工的方法對數以萬計的水稻花進行去雄授粉，工作量是巨大的，實際上不可能解決生產中使用的大量種子。
雄性不育系:是壹種雄性退化但雌蕊正常的雌性水稻。因為花粉不能生活，不能自己授粉，不能結果。它只能通過外來花粉受精和繁殖。因此，借助這種母稻作為遺傳工具，通過人工授粉可以產生大量的雜交種子。
保持系:是正常的水稻品種，它的特殊作用是它的花粉給不育系後，產生的後代仍然是雄性不育的。因此，在保持系的幫助下，不育系可以代代繁殖。
恢復系:是正常的水稻品種。它的特殊作用是其花粉產生的雜交雄性恢復正常，可以自育。如果雜種有優勢，可以用於生產。
三系雜交稻:指雄性不育系、保持系、恢復系的三系選育。不育系為大量生產雜交種子提供了可能。用保持系繁殖不育系，用恢復系給不育系授粉，生產雄性恢復有優勢的雜交水稻。
兩系雜交稻:壹種命名為光溫敏不育系的水稻，其育性轉換與日照長短和溫度密切相關，在長期高溫條件下表現雄性不育；在短日平均氣溫條件下，男性生育能力恢復。利用光溫敏不育系育成的雜交稻，在夏季長日照條件下，可與恢復系配合制種，在海南秋季或春季可自行繁殖，不再需要利用保持系繁殖不育系，因此光溫敏不育系配制的雜交稻稱為兩系雜交稻。
雜種優勢是指兩個不同品種或品系的親本所產生的雜交後代不僅具有親本的優點，而且在生長勢、活力、繁殖力、抗逆性、產量和品質等方面都可能優於親本的現象。兩個親本的遺傳關系越遠，攜帶的異質基因越多，親本的純度越高，雜種優勢越明顯。有雜種優勢的雜交種子就是雜交種子。所有雜交品種都是雜合子，即在染色體的同壹位點上有兩個不同等位基因的個體，其遺傳因子是不同的，如Aa和Bb。雜合子間交配的後代會出現性狀分離。