整個博物館分為五個部分:
第壹部分為展廳，介紹中國醫學名人、藥物的起源、藥理學的發展、中外藥物交流以及浙江在中國藥學發展中的地位和貢獻。
第二部分是中藥工作坊大廳和興趣室，老藥師可以在這裏為參觀者表演傳統制藥技術，參觀者也可以操作和體驗藥學的樂趣；
第三部分是中醫保健門診；
第四部分是藥膳堂；
第五部分是營業廳。遊客在這裏不僅可以觀看，還可以親自嘗試“興趣室”中傳統藥物的操作。還可以邀請名醫參觀博物館，購買優質的中成藥產品，品嘗能防病強身、延年益壽的藥膳風味。
其中有湖南長沙馬王堆、浙江余姚河姆渡遺址、浙江良渚文化、福建宋代泉州沈船出土的珍貴藥材文物，有百年前生產中藥的工具，如柞蠶床、銅船、臼、秤等。，還有容器——漢代的獸面紋青銅碾爐，明代的宣德爐，清代的陶瓷和錫罐，還有這家工廠的珍貴工具，比如金鏟、銀壺等，在開業之初就講求質量，精雕細琢。
該博物館展示了中國傳統中醫的歷史、胡慶余堂的發展史以及傳統中醫和中藥的標本。
為了直觀地了解百年前中藥的生產情況，設置了中藥手工模擬車間，並進行操作參觀。