1，審查申請材料是否齊全，是否符合法定形式；
2、對材料不齊全和不符合條件的不予受理，說明理由並制作相關證明文件；
3、對符合條件的即時受理並出具相關文件。
根據《中華人民共和國水路運輸管理條例》的規定，水路運輸企業和其他經交通部門批準的從事營業性運輸和水路運輸服務企業的單位，應由市交通部門批準並核發許可證。
法律依據:
國內水路運輸管理規定(交通運輸部令第79號2016)
第五條申請經營水路運輸業務，除個人申請經營內河普通貨物運輸業務外，還應當具備下列條件:
1.具備企業法人資格；
2.有明確的業務範圍，包括業務領域和業務類型。從事水路旅客班輪運輸業務，還應當有擬停靠的班期、班次、碼頭安排等可行的航線經營計劃；
3 .有符合本規定要求的船舶，自有船舶運力應當符合《水路運輸經營者自有船舶運力最低表》的要求；
4.有符合本規定要求的海事和機務管理人員；
5.有符合本規定要求並與其直接訂立勞動合同的高級船員；
6.有健全的安全管理機構和安全管理人員設置制度、安全管理責任制、安全監督檢查制度、事故應急處理制度、崗位安全操作規程等安全管理制度。
第七條水路運輸經營者投入營運的船舶應當具備下列條件:
1.與水路運輸經營者的經營範圍相適應。從事普通貨物、包裝危險貨物和散裝固體危險貨物運輸的，可以使用普通貨船運輸；
2.持有有效的船舶所有權登記證書、船舶國籍證書、船舶檢驗證書以及其他證明船舶符合有關法律、行政法規規定的安全、防汙染和分類檢驗要求的證書；
3.符合交通運輸部關於船舶技術標準、船齡和節能減排的要求。
第八條水路運輸經營者除個體工商戶外，還應當配備符合下列要求的專職海事和機務管理人員:
(1)海事和維修管理人員數量符合附件2的要求；
(二)海事和維修管理人員的資質與其業務範圍相適應:
1.從事普通貨物運輸的，應當具備不低於大副、大管輪的專業資格；
2.從事客船和危險品船運輸的，應當具備船長和輪機長資格。
(三)海事、機務管理人員具備與其業務範圍相適應的專業知識和管理能力，身體條件與其職責相適應。
第九條除個體工商戶外，水路運輸經營者按照有關規定需要的高級船員中，直接訂立壹年以上勞動合同的高級船員比例應當符合下列要求:
(壹)從事普通貨物運輸的高級船員比例不低於25%；
(2)客船、危險品船高級船員比例不得低於50%。