答:二代測序是壹種先進的基因檢測方法。與傳統的基因檢測方法如PCR法、芯片法相比,具有通量大(通量是指同時檢測的樣本多,同時檢測的基因多,故也稱高通量測序)和基因變異類型多(突變、融合、拷貝數變異等可同時檢測)的優點。與第壹代測序相比,它具有靈敏度更高、可檢測類型更多的優點。
問:為什麽第二代測序是基於算法的檢測?
答:是的。二代測序主要分為兩個階段:檢測過程和基因分析。離線後需要自動數據分析和人工驗證基因分析。遺傳分析可以理解為根據特定的算法,根據檢測結果對遺傳變異進行推理。
以下是信用分析的流程標準,可以理解。
問:如何評價測序結果的準確性?
答:壹方面是檢測實驗室本身的質量管理體系,另壹方面是衛健委等國家權威機構組織的高通量測序檢測過程和生命信分析的室間質量評價,即國家組織的、國家評分的、發布結果的質量評價活動。在檢測過程和原始信息分析兩項質量評價活動中能得滿分的臨床實驗室,說明測序質量是可靠的。
問:測序靈敏度是什麽意思?
答:敏感性是指從眾多等位基因中找出壹個突變等位基因的能力。組織和血液所需要的敏感度是不壹樣的,組織需要量是1%,血液需要量是1/1000。
問:敏感是不是越敏感越好?
答:從臨床應用的角度來看,不可能同時優化靈敏度和特異性。越敏感,壹方面說明腫瘤細胞中突變細胞的比例非常少,如果按照這種情況用藥,結果很可能與臨床實際情況不符。另壹方面,過於敏感可能會犧牲特異性,也就是假陽性的可能性。所以最符合臨床的靈敏度是組織百分之壹,血液千分之壹。
問:什麽是測序深度?
答:測序深度是指壹個基因位點被掃描檢測了多少次。值越大,深度越深。測序深度不是靈敏度,但和靈敏度有關。排序深度可分為去重前深度和去重後深度。重復制意味著重復,因為樣本DNA會經歷壹個擴增過程,這意味著很多DNA是多余的,需要去除。要求組織的測序深度在去重前為1000%,去重後為500%。血液的測序深度要求去重前為10000%,去重後為5000%。
問:什麽是cfDNA?什麽是ctDNA?
答:cfDNA是血液中的遊離DNA(也稱循環無細胞DNA)。許多細胞可以釋放cfDNA。cfDNA的來源很多,也很復雜。
CtDNA是指循環腫瘤DNA,是存在於血液和胸腔積液中,從腫瘤細胞中釋放出來的DNA。它是cfDNA中非常小的壹部分。檢測ctDNA最大的困難是去除背景幹擾,即大部分非腫瘤細胞釋放的cfDNA的幹擾。所以對檢測過程和原始信息的分析要求更高。
問:如何回答醫生問的假陽性和假陰性問題?
答:醫生問這種問題,本質上是關心檢測質量。所以檢測的可靠性可以通過濕實驗(檢測過程,有濕試劑參與)和幹實驗(原始信息分析,無試劑參與)的質量評價雙滿分來確認。
此外,低頻突變將通過芯片技術進行重新確認,從而最大程度地避免假陽性和假陰性的問題。
另外,檢測血液cfDNA,采用UMI標記法,也是壹種避免假陽性和假陰性的方法。