清明節的民間活動以祭祖為主，據說與寒食節紀念晉文公的大臣介休有關。也有人說寒食起源於周朝舊防火制度，其中木鐸在仲春禁中。寒食節的日期是冬季至日後105天，通常在清明節前壹兩天。因為寒食和清明節前後相連，到了唐代逐漸融合，於是清明擁抱了寒食的原始習俗，成為壹個既是節氣又是節日的特殊日子。
掃墓原本是寒食的習俗。寒食與清明節相結合，祭祖成為清明節的主要節日習俗。有公祭先賢忠臣，有私祭宗廟家廟。南京自古以來，公祭的人物有蔣、、明高僧邵、顏真卿、範、嶽飛、文天祥(明清南京城隍)、方孝孺、海瑞、林則徐、孫中山等。
私人祭祀，以掃墓為主要活動，壹般由男人和孩子到郊外祭奠祖墳，順便觀光遊覽，在城外的水面和山坡上尋找野菜。南京人以前在南郊掃墓。舊時家家戶戶都要帶竹制“春棚”來祭祀，棚裏放素菜、飯團、飲料、碗、筷、杯、燈。掃墓時，他們不得不拔掉墳頭上和墳頭上的雜樹，把墳頭填平，做成“墳帽”作為後人祭掃的象征。
此外，墳墓上要插上柳枝，表達對逝者重生的祝願。墓地開放前，掃墓人祭奠後，所有祭出的菜肴都給了照常照看墓地的“墳親戚”，還送了壹些現金作為守墓的答謝。有的人掃墓會帶壹塊生肉，祭祀山神和祖墳旁的土地。在他們心中，祖先崇拜是與自然崇拜聯系在壹起的。
如今，南京人掃墓的方式發生了很大的變化:水果和糕點取代了酒飯和素菜，鮮花取代了柳枝，鞠躬取代了磕頭。同時，墓祭從單壹的家族祭祀擴展到社會、家庭、個人三個層面，即增加了社會公祭和個人網上祭祀。
如今，在清明節，南京人經常集體前往雨花臺烈士陵園，祭奠侵華日軍南京大屠殺遇難者。個人也利用微信、微博、網頁等方式向親友表達哀悼和緬懷，改變了單壹的祭祀形式。