在豆腐發酵過程中，毛黴菌是最起作用的。這種黴菌是壹種喜氧、喜溫的黴菌。低溫和低氧含量不利於其生長，豆腐的發酵也會受到影響。因此，在豆腐發酵的這壹步時，記住千萬不要密封。
要制作豆腐乳必須使用老豆腐，而且是優先正經鹵水點出的鐵鍋豆腐。壹般的石膏豆腐和嫩豆腐是不能用來制作豆腐乳的！準備壹個容器，把辣椒面，花椒粉，鹽，十三香，少許糖和味精攪拌在壹起，壹定要加入更多的鹽，讓它足夠鹹。然後再準備壹個小碗，倒滿曲酒。鹽和酒是不讓豆腐乳變壞的關鍵！
首先將豆腐塊浸泡在大曲酒中，撈出滾滿拌料，壹層壹層的碼在盤子裏。最後將剩余的拌料和大曲酒倒在上面封壇。其次在壇子裏密封壹禮拜就可以吃了，但口感還不夠細膩，味道也吃的不夠。所以還需要有個較長時間的二次發酵。
選好豆腐後，將豆腐塊放入竹編織物中，蓋上紗布或幹凈的稻草，在陽光下曬兩小時左右，剩下的時間放在陰涼通風的地方進行自然發酵。根據天氣和溫度，這個過程大約需要10-15天，直到豆腐表面覆蓋著白色細毛或紅色粘液即可。
制作豆腐乳最重要的是不要有雜菌，不要粘油。農村地區最傳統的方式是將白豆切成方形，然後在幹凈的稻草上慢慢發酵。但是，這個時間很長，很容易黴變。如果十幾二十天後長出雪白的毛衣，沒有黑色或黃色的雜毛衣才是最好的。
然後還有等上壹段時間讓它的毛衣慢慢變黃。這個時間就可以腌制乳豆腐了，腌制乳豆腐方法各地方口味不壹樣。有用紅油的、有喜歡麻辣的、有喜歡五香的，但都離不開50℃以上純糧白酒！