傳統豆芽菜生產用種以黃豆、綠豆和蠶豆為主，黃豆有種皮為白黃、淡黃、金黃、暗黃等不同色澤的品種，但以色澤黃亮者為好。綠豆有明綠豆、毛綠豆和黑綠豆等，明綠豆較抗寒、耐熱、豆芽色白粗嫩；毛綠豆較耐熱、出芽快、但豆芽較細；黑綠豆怕熱、出芽慢、豆芽白而細、質地較致密，可根據各地習慣選用。蠶豆有大粒種、小粒種和種皮黃棕色、青白色等不同品種類型，可按所在地區因地制宜選用。在采購種子時應註意選擇籽粒飽滿、硬實率低，純度、凈度和發芽率均高的新種子，盡量不買陳種子。
在進行豆芽培育前要先對種子進行篩選，並進行發芽實驗。然後淘洗種子，用20～27℃的潔凈清水進行浸種，8～12小時後當種子基本吸脹時結束浸種，撈出種子再用清水沖洗幹凈，即可進入發芽容器進行培育。