藥膳的主要原料之壹是中藥。據資料統計，在數千余種的中藥中，能作為藥膳原料的只有幾百種，如當歸、人參、三七、天麻、何首烏、枸杞子、黃芪、銀耳、冬蟲夏草等。用中藥與食物配伍、炮制和應用時，壹定要根據病情和藥物與食物的偏性而定。因食物與藥物的互相配伍，可相互影響，藥膳的配伍是否合宜，將直接影響食療、藥膳的效果。
在長期的生活實踐中，人們還摸索出某些有毒副作用的食物。通過配伍後可消除或減低其毒副作用。如生姜能解魚蟹之腥，紫蘇能解魚蟹之毒。魚蟹之腥膻及毒副作用能被生姜、紫蘇降低或消除，這種配伍，類似於中藥配伍中的相殺、相畏配伍。能降低或消除另壹藥、食毒副作用者為相殺；毒副作用能被另壹藥、食降低或消除者為相畏。二者是同壹事物的兩個方面，均屬食療藥膳中降低或消除毒副作用的配伍方法。可見，日常生活中做魚、蟹時放入生姜、紫蘇，並不單純在於調味，還有解毒之功。如此配伍，民間流傳甚多，如大蒜防治蘑菇中毒，蜂蜜解附子、烏頭之毒等。
食療藥膳配伍中，若不掌握食物、藥物的性能，則配伍後可能相互拮抗而致原有功效降低甚至喪失。這種配伍，屬中藥配伍中的“相惡”配伍。此類食物或藥物的性能大致相反，故應避免同用。如虛寒之體，在食用羊肉、狗肉等溫補氣血之類的食物時，同時食用生蘿蔔、綠豆等食物，則可使前者的溫補功能降低。又如食用藥膳參藥烏骨雞時，若同時食用蘿蔔、萊菔子或喝茶，則使人參、山藥、烏骨雞的補益功能降低，即常言所謂，壹補壹消，作用抵消。因此，食療藥膳進補時，不能同時食用耗氣之品。
食療藥膳的配伍不當，不僅可降低功效，甚至還可產生毒副反應，這種配伍屬中藥配伍中的相反配伍。從長期的飲食經驗來看，相反配伍雖極為少見，但必須引起重視。
可見食物如同藥物壹樣，通過配伍可發生不同的變化，產生不同的效果。因此，食療藥膳中必須掌握配伍原則，按照科學的配伍方法應用。