（壹）問責權責不清
我國黨政之間、行政機關上下級之間、不同行政機關之間職能交叉嚴重，責任劃分模糊，是行政管理中的壹大問題。由於缺乏科學的職位分類制度，政務類和業務類的公務員職責也不清楚，導致責任虛置或責任無法追究。權責明晰是建立和推行行政問責制的前提和關鍵，而目前我國行政體制中的權責不清是實行行政問責制的重要障礙。
發生重大事故、決策失誤、工作執行不力等等，由誰來負責，負什麽樣的責任，應該由清晰明了的規章制度加以明確，真正的行政問責制必須建立在嚴格的職責劃分上，只有這樣，才能把行政問責落到實處，才能實施嚴格意義上的行政問責制。我國目前政治體制和行政體制的種種弊端造成責任的歸屬難以確定，制約著行政問責制的建立和推行。歸納起來權責不清主要表現在壹下三個方面：壹是黨政權責不清。由於傳統體制的慣性，黨委作決策，政府去執行，出了問題，責任究竟在黨委，還是在政府，很難確定，現實實踐中往往只問責政府，這正反映了黨政權責不對等。二是上下級權責不清。我國行政機構的層次太多，從中央到地方，要經過中央政府、省、市（含行署）、縣（市）、鄉（鎮）五個層次，執行或決策出了問題，到底追究哪壹級政府的責任？三是不同行政機關之間權責不清楚。從橫向上看，我國行政機構的職能部門劃分過細，過細的分工必然帶來職能交叉、權責不清。總之，這些權責不清的狀況成為建立和推行行政問責制的嚴重障礙。
（二）問責主體缺位
問責主體就是由誰來問責。政府官員經過授權才擁有公***權力，其責任對象應是人民群眾，官員問責的主體也應是人民群眾。我國的政治制度實行的是人民代表大會制度，按照憲法的規定，各級人民代表大會常務委員會是同級最高人民權力機關，行政機關、審判機關、檢察機關都要對人大負責，人大代表有憲政權威上的質詢權，但遺憾的是，不少地方人大的最高權力得不到體現。從各地行政問責實踐來看，有關領導被問責，從問責的主體看，幾乎都是上級有關部門通過調查，做出的處理。作為最高權力機關的各級人民代表大會常務委員會，並沒有在這些問責中體現問責主體的作用，說明行政部門的施政很少真正向人大負責，人大對行政官員的失職與違法行為也很難真正追究責任。同級人民代表大會常務委員會是當地最高國家權力機關，是壹個法定的監督機關，人民代表植於人民群眾之中，對當地發生的事故真相更易了解，能夠更快更好地履行問責的法定職責。當行政機關行使行政權力出現違法違規、失職讀職行為或侵犯人民群眾利益時，同級人民代表大會常務委員會應該及時啟動問責程序，調查事實真相，按照法律法規的規定，做出適當的問責處理，讓問責成為壹項長期的、根本的制度。另外，問責主體除了人大外，還有司法機關、政協、輿論媒體及公眾，僅局限於行政部門內部的上下級之間的問責，效果將大打折扣，會導致問責不公、不實。
（三）問責標準不壹
自“非典”以來各地問責意識逐步增強，各地紛紛制定各種問責制度，“問責風暴”席卷而來。但是仔細研究各種問責制度，考察問責行為，發現問責標準不統壹，問責的後果不盡相同，也就有失公允。主要表現在兩個方面，壹是相同問責事由，問責後果不同。針對同壹事由，有些地方追究責任更嚴重，有的地方責任更輕，甚至不用追究責任。二是同壹問責事由，因所發生時間不同，問責後果不壹。在我國，疾風驟雨般的問責、運動式問責並不少見，上級領導重視、群眾關註的問責事件問責速度快而後果重，而對於同樣的問責事由，在另外時間發生，往往追究責任輕描淡寫，這也會導致問責不公、問責不實。
（四）問責範圍過窄
目前我國推行行政問責制所涉及的問責案件，主要是生產安全事故、食品衛生案件、拆遷事件、腐敗案件及突發性災難事故等，這些事件事故直接關系群眾的生命財產安全，關系社會發展與穩定，對這類問題不僅要問責，還要加大問責力度。但是，局限於這壹類非常態事件的問責，與國際社會廣泛的問責事項相比，顯然範圍偏窄。隨著問責的深入展開與制度化，問責範圍理應將行政機關或行政工作人員的隱形失職、決策失誤、用人失察或行政不作為包括在內，即將問責範圍從意外事故問責擴大到常規行為的問責，從過錯問責向追究無為問責轉變。
（五）問責程序不實
合法正當的程序決定了法治與人治的區別，程序是行政問責沿著法治的軌道健康、持續發展的保證，也只有程序才能把行政權力制約於法律框架。只有具備了正當合法程序，行政問責制才是壹種真正有意義的制度建設，否則，就是隨意性的擺設。我國行政問責在程序操作層面存在諸多難點,程序設計上尚需完善，具體程序無章可循，公眾缺乏知情權,被問責對象的抗辯申訴權利沒有得到充分保障,問責過程幕後權力操作,等等壹系列問題表明問責程序不實。問責程序缺乏法定操作性,處理過程不透明,也會影響行政問責的效能。
（六）問責法律缺失
從行政問責的實踐中不難發現目前的問責隨意性較大，缺乏法律依據，如問責事由的規定不具體，彈性大，難以認定；責任的追究不全面，法律責任、道德責任等被追究的現象不多；問責程序缺乏可操作性，無具體法規可依。總之，中央制定了很多有關問責的政策，地方也有不少關於問責的政府規章，但缺乏真正意義的、全面的、專門的行政問責法規。任何制度要發揮作用必須有壹定的法規程序，現階段的行政問責還沒上升到法律問責，問什麽事的責、由誰問責、以什麽程序問責、該承擔什麽責任、結果如何實行救濟，等等問題均未通過法律明晰化。