時代背景：幕府將軍的背景是日本戰國時期，武家之殤則發生在倒幕運動的時候
勢力：幕府將軍的勢力為織田，德川，武田，上杉，北條等，而武家之殤大致可分為倒幕和佐幕兩個派系，倒幕以摩薩藩，長州藩為主，佐幕以會津藩等為主
地域：武家之殤有更細致的地域，而且開放了北海道地區（蝦夷***和國）
經濟：差別不不大，武家之殤取消了糧食的概念，可以和英美法三國貿易（佐幕派僅限美法），現代化建築（工廠，軍事學院等）帶動經濟增長，同時降低民意
政治：武家之殤沒有幕府將軍2中的包圍網，當占領足夠多的領國後可以選擇獨立（除本身外其余皆為敵人），或為本派系戰鬥（在這之前可以改旗易幟，可以與敵對派系貿易，甚至結盟）
軍事：武家之殤中以熱兵器未主，除傳統武士部隊，近戰都比較差，後期可招募精銳部隊，包括將軍衛隊，天皇侍從隊等，與英美法三國貿易展開後還可征募海軍陸戰隊，另外可招募加特林機槍隊和阿姆斯特朗炮，以及鐵甲艦；軍隊的經驗等級不再完全依靠戰爭，可有征募的軍事教官來訓練
其它：武家之殤中壹年有24個回合，可招募藝伎(魅惑將領/事務官，迷惑軍隊)，軍事教官(決鬥事務官，藝伎除外，破襲建築/軍隊,訓練軍隊)，組頭(行刺，賄賂，轉變領地信仰)，忍者(技能與幕府將軍2壹致)，不可征募和尚，傳教士，目付