當前我國種業存在四種風險必須未雨綢繆加強防範。
1．種業源頭安全風險：種質資源保護不夠
壹是種質資源流失嚴重。我國作為世界第三的種質資源大國，生物物種資源種類多、分布廣，但如今許多傳統種質資源流至國外，經他國改造後搶先註冊申請知識產權，圈占我國種質資源。
二是種質資源保護不徹底。第三次全國農作物種質資源普查與收集行動發現，主要糧食作物地方品種的數目喪失比例高達71.8％；第二次畜禽遺傳資源調查，15個地方畜禽品種資源已經滅絕，19個品種瀕臨滅絕。土種的不斷消失對我國農業物種多樣化損失巨大，本土生物物種資源存在逐漸消失乃至滅絕的風險。
三是外來物種入侵嚴重。《2022中國生態環境狀況公報》顯示，我國已發現660多種外來入侵物種，其數量正逐年上升。外來入侵物種嚴重破壞生態系統，危害物種安全。
2．種業繁育安全風險：育種能力不強
壹是育種研發投入主體不強。國家公***投入不高，科研、生產“兩張皮”現象明顯。企業規模小，國際競爭力弱，2018年世界前三強種子企業市場份額約為50％，而我國註冊資本在3000萬元以上的1186家企業僅占34.7％的市場份額。
二是育種高尖端技術被壟斷。我國種業前沿研發水平較發達國家仍有很大差距，如分子育種技術90％掌握在以美國為首的科技強國中。分子育種技術極容易被“卡脖子”，存在受制於人的安全風險。
三是育種數量多品質差。經歷多年改良，我國良種繁育能力不斷提升。目前我國當年申請專利數已經超過美國，但在全球高價值的8379件生物育種核心專利中，我國僅占461件，育種“重數量、輕質量”的現狀並沒有得到根本改變。
3．種業推廣安全風險：扶持政策不精準
壹是扶持主體資金用途不精準。雖然近年來國家高度重視種業安全，提高國有科研經費投入，但經費利用效率較低。種子研發經費80％以上投入在農業科技應用技術研究上，僅不足20％的經費真正投入在育種過程中，且重復科研較多，效率不高，研發種子同質化嚴重。
二是扶持目標落實不精準。放寬種業科研項目經費使用自主權，在於提高科技人員種業研發成果轉化收益，但實際執行中，未具體規定經費用途，極易導致經費濫用。
三是政策實施細節不精準。侵權賠償等制度不完善，導致農作物侵權行為違法成本低，無證經營、制假售假情況頻發，假冒偽劣種子流向市場，嚴重侵害了種業市場環境。
4．種業輿論安全風險：公眾認知存在偏差
壹是公眾參與種業發展程度較小。多數公眾“只關心結果，不關心過程”，多關註於“食”而非“食”之源頭，導致對種業發展、生物多樣性的關註度較低。
二是公眾對種業安全保護的意識弱。目前我國種業保護機制建設起步較晚，體制建設不完善，公眾對種業知識產權保護、種質資源保護重視不夠。
三是公眾對轉基因技術存在誤區。壹些發達國家已將生物育種作為種業發展的新戰略，但我國公眾對轉基因育種的認知有誤區，轉基因育種的相關知識宣傳普及程度低，公眾思想難以轉變，極大地制約了生物育種發展。