第壹，單獨壹門學科不能反映客觀世界本身的統壹性和相互聯系的有機整體性，難以使學生形成有關認識客體的完整圖景和初步的科學世界觀。
第二，課程分科過細，脫離了兒童心理發展的特點。
第三，分科教學的課程門類較多，交叉重復現象較為嚴重，造成時間和精神的浪費，結果勢必加重學生的課業負擔，影響學生的身心發展，不利於提高學生的素質。
第四，分科教學的課程結構不合理，有的學科被片面強調，有的學科形同虛設，學生的教養、創造力、操作能力被忽視，無法獲得跨學科的知識和方法，影響了教育質量的提高。