建房戶向戶口所在地委員會提出建房書面申請；不需要申請建設用地的房屋加層、翻修和建造圍墻等的，建房戶憑房地部門用地批復和建築施工圖向鎮人民政府提出建設工程規劃許可申請，並填報《崇明縣農村個人住房建設規劃許可證申請表》。
1、政府根據用地批復、建築施工圖核定建房面積、建築面積、層數、標高、房屋四址，在《個人住房建設規劃許可證申請表》上簽署意見；
2、經同意後，核發《個人住房建設工程規劃許可證》；經規劃許可後，建房戶在開工前七日內向審批部門提出開工書面申請；人民政府根據書面申請和《個人住房建設工程規劃許可證》辦理《建設工程項目表》；同意開工後，人民政府派員進行專線復驗，並填寫《個人住房建設工程灰線復驗記錄》。
3、建房戶按個人住房建設用地批準文件和《個人住房建設工程規劃許可證》規定的宅基地面積、建房占地面積、建築面積、房屋的位置以及層數、高度等進行施工；住房竣工後向鎮人民政府提出竣工驗收申請。
房屋加層方法
1、直接加層法
此種辦法的優勢在於未更改構造承重體系以及平面布局的基礎.上直接進行樓房加層，可用於原房子的承重構造與基礎的承載力和變形等要求可滿足加層條件的建築，其優勢就是對原先住房影響小，並且施工時間短，造價低。然而，其缺點是受限於原住房和地基的承受力，加建的層數與高度都受限。
2、加固加層法
是指會對原住房進行加固，接著再用直接加層法。它可用於原住房的承載不夠或應對承重墻面、框柱以及基礎進行加固等狀況。原理是經過提升承載力來滿足加層需求。此種方法不足之處在於會對原住房的影響大，並且施工時間久，同時造價也高。