根據長期野外考察、實驗室研究和數學模型，研究人員對雌性動物的擇偶偏好提出了多種假設。總的來說，這些假設可以分為兩大類。第壹類，這種擇偶偏好是直接選擇的結果——影響擇偶偏好的基因本身就是自然選擇的對象。譬如，有的雄性動物能夠更好地照顧後代，雌性對於這類雄性的偏好就能夠通過自然選擇的方式延續下來。這就是為什麽壹夫壹妻制的雌性通常更傾向於選擇顏色不那麽鮮艷的雄性，因為這類雄性動物更容易躲避天敵的追捕，因此更容易存活下來***同撫養後代。
影響擇偶偏好的基因對其他性狀也有影響時，直接選擇也會發揮作用——這是目前關於為何某些物種的雌性動物在選擇配偶時會偏好同種雄性動物並不存在的性狀。例如，某些劍尾魚屬雄性尾部腹側的鰭特別長，而其他劍尾魚下屬種類則不具備類似“劍”的結構，即便如此，這些物種中的雌性也對“劍尾”癡迷——通過外科手術擁有“劍尾”結構的同種雄性更受雌性歡迎。
第二類假設則認為間接選擇才是擇偶偏好背後的原因，即影響擇偶偏好的基因變異與決定其他性狀的遺傳變異具有相關性，自然選擇的作用對象是其他性狀，而擇偶偏好只是壹個附帶結果。這類假設中的壹個典型就是所謂的“優良基因假說”。譬如，攜帶免疫強化基因的雄性會更加健康，外表色彩也便更加明亮。傾向於選擇色彩艷麗的雄性的雌性動物能夠通過交配將免疫強化這類優質基因傳遞給後代，使這些後代更加健康，也更加易於存活。自然選擇留下的是這類健康優質基因，同時也附帶留下了偏好色彩明亮的雄性的基因。這種假說在行為生態學家中很受歡迎，但是目前的證據仍不充分。
Muralidhar提出的雌性擇偶偏好演化機制同樣是基於間接選擇。其模型的核心是性別對抗性選擇——在此性別中有益的基因在彼性別中是有害的。越來越多的演化遺傳學家開始認識到性別對抗性選擇的普遍性及其帶來的多樣化結果。想象壹下，有壹種基因突變同時會導致雄性和雌性的羽毛更加鮮紅。這種突變可能提高雄性的環境適度，因為它能夠提高交配成功率；但這種突變卻會給雌性動物招來天敵，降低其環境適度。因此，雌性動物與羽毛較鮮紅的雄性交配產下的雄性後代更容易存活，但雌性後代卻相對危險。長久來看，這兩種效應在種群層面會相互抵消，亦即意味著決定雌性傾向於與羽毛較鮮紅的雄性交配的基因在自然選擇中是中性的。
但如果影響擇偶偏好的基因並非以尋常的方式遺傳呢？上面的推論會有不壹樣的結果嗎？如果這些基因恰好在性染色體上呢？
在哺乳動物和果蠅中，雄性有兩條不同的性染色體（X和Y），而雌性則有兩條X染色體。鳥類和蝴蝶等生物的性染色體為Z和W，它們與哺乳動物和果蠅恰好相反——雄性有兩條相同的性染色體（Z染色體），而雌性有壹條Z染色體和壹條W染色體。影響擇偶偏好的基因位於W染色體上，這也意味著這種基因僅存在於雌性中。W染色體上的擇偶偏好基因（偏好的性狀不利於雄性生存）也只會遺傳給雌性後代，如果這些雌性後代恰好從父親那裏遺傳了部分有利於雌性生存的優良基因，那麽它們就能更好地適應環境，其W染色體也會不斷延續下去。這些“邪惡”的W染色體可以說是非常自私了——盡管它們對雄性健康不利，卻仍然會不斷傳播延續。