在全國各地政府投資工程的管理實踐過程中，伴隨著投資主體的多元化、項目實施方式新要求等，其管理模式發生著深刻的變化。總體來看，目前我國政府投資項目管理模式主要有以下幾種：
第壹，項目法人型模式。適用於各種國有經濟主體投資的經營工程項目，項目法人為依法設立的獨立性機構，對項目實行全過程負責。
第二，工程指揮部型模式。壹般是臨時從政府有關部門抽調人員組成，負責人通常為政府部門的主管領導，工程項目完成後，該工程項目的指揮部即告解散。
第三，基建組型模式。采用此模式的大都為各個行政部門(如教育、文化、衛生)以及壹些工程項目較多的單位，壹般由本部門的基建處進行直接具體的組織領導工作，而工程指揮部主要是進行常規的行政管理工作。
第四，專業機構型模式。由壹個專門機構負責某壹類或幾類政府投資項目的實施管理工作。其特點是管理單位長期專職管理某些類別的政府投資項目，具有壹定的專業性。
第五，城投公司型模式。作為政府連接建設市場的載體，城投公司的建立是為了更有效的盤活城市資產，解決城市經營的資金融通問題，使之產生應有的經濟效益。 第壹，合理界定政府投資項目範圍。政府投資項目的界定是政府投資項目管理上的壹個根本性問題。如果不對這壹問題有壹個清晰的認識，則有關控制政府項目的投資，提高其效率的建議和對策就會陷入尷尬局面。
第二，明確政府投資項目的性質與類型。政府投資項目性質和類型的清晰區分，可以真正促使政企分開，使政府和企業各盡所能、各司其職，有利於提高效率和管理水平，有利於建立資金運用機制和拓展資金籌集渠道。
第三，完善政府投資項目監督體系，明確政府各部門在政府投資項目管理中應該擔負的主要職責，避免出現職責的交叉和權力的真空，以保證政府投資項目從決策到實施的高效率。在我國，尤其要加強計劃、財政、市場、審計和監察等部門的宏觀監管和協調。
第四，政府投資項目管理要逐步實現專業化。我國政府投資項目的成敗與項目管理單位和人員的能力和水平密切相關。委托專業項目管理機構、專業人士來進行項目建設管理，發揮專業機構和技術人員的技術、管理優勢與經驗避免造成人、財、物和信息、等社會資源的浪費，政府同時需履行好監督職能。
第五，完善相關法律法規。無論采用怎樣的管理模式，都必須有配套的法律、法規對工程管理進行規範。應盡快出臺有關政府投資工程項目管理法律。合理劃分投資、建毆、管理、使用各方的職責和權力，並形成權力的制衡。
第六，建設項目的後評價機制，可以在項目建成後經過壹段時期的運營和使用後，對項目的立項決策、規劃設計、工程實施、運營或使用，以及項目的經濟和社會效益作出合理評價。完善的後評價可以對項目前期評價工作進行補充和完善，對項目的工作進行監督和改進，對項目管理進行反饋。