到了21世紀，方回春堂擁有2500多平方米的經營面積，完整地保留了原有的建築風格。布局也是傳統的明清江南特色。細分為國醫館、國藥館以及參藥號。國醫館是省市的醫療定點機構，擁有診室20多間，上百年歷史的家具烘托出中醫藥的神秘。而絡繹不絕的人流更顯示了其作為百年老字號的魅力，但是方回春堂的成就也有壹段鮮為人知的艱辛。
名醫坐診，擦亮招牌
2001年7月，當方回春堂國藥館館長毛海耞壹行接手方回春堂時，這只是壹個破破爛爛的老字號藥店。10月杭州方回春堂借清河坊歷史街區重修之際，集資近千萬元人民幣，整繕原址店屋，重新開業。壹個問題擺在了眾人面前，如何給再生的方回春堂定義，由於當時許多資金開始湧入醫藥零售行業，按照常規思路，用方回春堂這個老字號在原址上重新建起壹家藥店，但是如果單做零售藥店，似乎局限了這個有名醫歷史的老字號的發展。而隨著生活水平的提高，消費者尋醫問藥的需求也越來越多，作為中國人，似乎每個人都對中醫藥有壹種難以割舍的情結。經過壹番討論，毛海耞壹行決定把方回春堂細分為國醫館和國藥館。
方回春堂雖然有著百年老字號的招牌，但是卻沒有自己的醫生，毛海耞說決定用真誠去感動名醫。請醫生時，剛開始都是無功而返，但是並不因此而氣餒，壹次不行就兩次，兩次不行就三次，壹而再，再而三地登門拜訪。後來不少名醫都被方回春堂的真誠和執著打動，答應為其坐診。據悉曾有壹位名醫，方回春堂請了三年，前後不下十幾次。為了保證參藥號所售賣的藥材正宗地道，方回春堂專門從湖州請來了70多歲高齡的楊其康老中藥師，他13歲就開始在中藥參茸櫃當學徒，和參茸打了60來年的交道，練就了壹雙識參茸的火眼金睛，他主要負責把參茸的進貨關。楊其康老中藥師對參茸的把關極為嚴格，除了看其是否有省、市的質量保證書以外，還要杜絕有傷疤和銹疤的參茸進店。藥材進店後，並不能直接上櫃，而是要經過檢驗。這壹關，方回春堂又請來了國家級中藥師徐錫山負責藥材質量的檢驗，凡有不符合規定的，壹律退還並且不準上櫃。
地道好藥，齊、全、精
“許可賺錢，不可賣假”是方回春堂的祖訓，方回春堂對藥材質量的要求由此可見壹斑。為此，方回春堂專門請了壹批有經驗的師傅專門管理藥材的加工和制作。據悉，在其倉庫中還儲存著壹些冷僻藥材，這些藥材有的或許壹年才用壹次，有壹些甚至壹年到頭可能都沒用到，當這些藥材過期了，就只能通通扔掉。要做好中藥老字號這個招牌，必須使得國藥館的藥材齊、全、精。自開館以來，方回春堂的師傅都會到藥材原產地采集最道地的藥材，並到處去收集壹些冷僻藥材，雖然這樣做很費人力和物力，但只要贏得消費者的口碑他們就無怨無悔。因為藥材地道，方回春堂的生意蒸蒸日上，於2003年新開了壹家參藥號。
重視員工，尊重顧客
方回春堂壹***有200多名員工（包括坐診醫生）。但是員工的流動很少，平均每年因主動辭職或者被辭退的員工只有2~3名。在人才流動頻繁的醫藥零售行業，這種現象可以說少之又少。“方回春堂對員工的要求很簡單，就是要求員工對待顧客要如同對待朋友壹般，對待同事要像對待親人壹般。方回春堂的不少醫生都說，他們在這裏備受尊重。
薪火接力，由我做起
方回春堂的幾個老師傅在吳山藥王廟裏正式收下了5個徒弟，讓師徒傳承的形式重現於圈內。