1、物理抑藻技術
物理抑藻技術是指通過物理手段，從水中分離去除或抑制藻類的繁殖，從而達到控制藻類的目的，主要方法有以下幾種：
（1）過濾法。該方法將微網或過濾材料作為過濾器，過濾去除水體中的藻類。據報道，該方法可有效去除湖水中的甲藻，同時對COD、TN、TP及葉綠素a等也有壹定程度的去除。
（2）遮光法。該方法通過在湖面覆蓋部分遮光板，從而抑制藻類的繁殖。
（3）沈澱法。向水中投加混凝劑或吸附劑，利用混凝或吸附原理，使藻類沈澱，從而達到去除的目的。例如，向水中播灑黏土，即可使藻類發生沈澱，從而被去除。
（4）超聲波法。利用超聲波與水作用產生的空化現象，損傷藻細胞內的生物分子，從而導致藻類的死亡。另外，由超聲波與水或水中的氣體作用產生的自由基也具有殺藻作用。值得註意的是，由於壹定強度的超聲波還有可能促進蛋白質的合成，在實際應用中，選擇適宜的超聲強度至關重要。近年來，有研究者將超聲波與臭氧結合起來，用於抑制藻類的生長。
（5）紫外線法。利用紫外線的輻射作用，破壞DNA,從而殺死藻類。
物理抑藻技術存在耗時、費用高、操作困難等缺點，不易普遍和大規模實施。迄今應用最成功的典型是華盛頓湖，治理花了17年，費用l億3千萬美元。
2、化學抑藻技術
化學技術是通過化學藥劑（統稱殺藻劑）來抑制水中藻類的繁殖。目前已合成和篩選出的殺藻劑有：松香胺類、三聯氮衍生物、有機酸、醛、酮以及季胺化合物等有機物，銅鹽（硫酸銅、氧化銅）、高錳酸鉀、磷的沈澱劑（ Fe2+、Fe3+等）等無機物，其中硫酸銅和漂白粉（氯）較為常用。銅離子可作用於藻膽體抑制其對光能的吸收和傳遞，從而達到抑制藻類生長的目的。硫酸銅在美國、澳大利亞的飲用水源水體中經常使用。
向水庫、湖泊投加化學藥劑時，可把藥劑故在布袋中，系在船尾上，浸泡在水裏，然後在水中按壹定路線航行。投藥量隨藻的種類和數量以及其他有關條件而定。壹般說，硫酸銅效果好，藥效長，每升水投加0.3~0. 5mg,在幾天之內就能殺死大多數產生氣味的藻類植物，但往往不能破壞死藻放出的致臭物質。
3、生物抑藻技術
生物技術抑藻主要包括微生物抑藻技術、生物濾食技術和植物化感抑藻技術等。此外，基因工程抑藻也是壹種很有潛力的生物抑藻技術。近十年來，藍藻的分子遺傳學研究發展快速，在基因工程載體構建、基因定位、基因轉移、基因表達、功能分析等方面都取得了顯著進展。利用基因工程，可以培植水華藻類的競爭生物，抑制某些特征性藻類的生長，或者可以用基因工程的方法來改變藍藻的某些特性，用病毒抑制藻類生長。
要想有效的抑制藻類的爆發性生長，避免水華或赤潮的發生，最根本的方法就是減少生活汙水和工業廢水的排放，控制水體富營養水平，降低水體中氮、磷等營養物質的濃度。