日本的胃腸鏡檢查其實就是利用內窺鏡檢查來做的。內窺鏡是壹個配備有燈光的管子，它可以經口腔進入胃內或其他天然孔道進入體內，可以利用內窺鏡可以看到X射線不能顯示的病變，借助內窺鏡醫生可以觀察胃內的潰瘍或腫瘤，據此制定出最佳的治療方案，可以說對醫生非常有用，。在體檢中，壹般用來做胃鏡或者腸鏡。
胃鏡 Gastroscope，借助壹條纖細、柔軟的管子伸入胃中，醫生可以直接觀察食道、胃、十二指腸的內部情況，尤其對微小和早期的病變有最直觀的判斷。
胃鏡管前端裝有內視鏡，由光源器所發出強光，經光纖使其轉彎，讓醫生從另壹端顯示屏幕上清楚地觀察上消化道內各部位的狀況。必要時，可由胃鏡上的小孔伸入夾子取細胞切片檢查（活檢）。
利用內窺鏡做的胃鏡檢查
中國國內普遍采用的胃鏡設備是口腔進入式，胃鏡軟管直徑較粗，通過咽喉敏感處，容易產生嘔吐感，讓不少人對胃鏡有恐懼感。不少檢查者會選擇全身麻醉的無痛方法，但麻醉劑畢竟對人體神經系統有損傷。
胃鏡檢查其實檢查時，只要放松、正確而有節奏的唿吸就能有效緩解不適，對於胃鏡檢查的方式、作用和好處有足夠的了解，有效的認知可以消除不少心理上的焦慮和痛苦。
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日本是世界上最早發明和使用醫療內窺鏡技術的國家，目前日本體檢的胃鏡都已經采用鼻腔進入式設備，內窺鏡管較細，比小拇指還略細壹點。
腸鏡檢查前，醫生在調試設備
胃鏡前8小時內不能進食。檢查時先喝了壹杯用於消除胃部氣泡的藥水，然後在鼻腔中滴入壹些幫助通氣的藥物，選擇比較通暢的壹側滴入麻醉液，麻醉液會順著鼻孔流入到口中，需要咽下去，減少咽喉敏感反應，之後放內窺鏡管子的時候就不會很難受。
胃鏡檢查醫生會慢慢將內窺鏡管子放入鼻腔，然後再深入到食道和胃部，他會將內窺鏡先放入最深的十二指腸部位，然後從深到淺慢慢檢查。
總體來說，消化道內部應該是光滑的，如果遇到異物，就會用內窺鏡頭部微型噴嘴噴水，確定是消化道內長出來的東西，比如息肉，還是粘在內壁上未消化的食物。看不清楚時，還會噴灑碘酒染色，如果發現什麽問題，醫生會用頭部微型設備取樣，隨後化驗檢查。整個過程大概20-30分鐘左右，內窺鏡會拍攝大量照片以便時候再二次觀察確認。