1986年，開拓了清代學者上古聲紐研究史論的領域。按照萌發初探期、立論創說期與系統集成期，逐壹闡述了顧炎武、徐用錫、江永、戴震、錢大昕、段玉裁、錢坫、李元、夏燮、鄒漢勛、章炳麟、黃侃諸家之說，填補了百余年此方面研究之空缺，清代古音學及其學術史方成完璧。1996年，在臺灣出版繁體版《清代上古聲紐研究史論》；2012年，在大陸出版簡體版《清代古聲紐學》。
1989年草成《試論原始華夏語形成的歷史背景》，初步提出“東亞三大太古語系說”和“原始華夏語混成說”。1993年寫成《華夏漢語三元混成發生論》。
1994年秋寫成《論漢語史研究的理論模式》，對通行的四個漢語史研究理論模式（[瑞典]高本漢直線型模式、[美國]普林斯頓方言逆推型模式、[美國]張琨時空二維差異型模式、[日本]橋本萬太郎地理推移型模式）逐壹剖析，闡述了“混成發生·推移發展”模式。
1995年寫成近5萬字的《中國語的歷史和歷史的中國語——7000年中國語史宏觀通論》，力求貫通考古學、歷史學、傳說學、人種學、民族學與歷史語言學諸學科的最新研究成果，以“東亞－南洋語言文化圈假說”為背景將新模式概括為“南耕北牧·沖突交融·混成發生·推移發展”。通過溯源沿流式、大視野、全景觀的審視，以期重建中國語史觀和中國文化史觀，而且試圖通過新的模式闡釋中國語言史以重建中國文明史乃至東亞文明史。1998年，在臺灣出版《混成與推移：中國語言的文化歷史闡釋》。2003年，出版《中國語言文化史》。
1999年完成了《語言關系類型學：對譜系樹模式的超越》，提出采集狩獵經濟型語網、海上遊牧經濟型語珠、農耕經濟型語區、遊牧經濟型語系的四分法，試圖從生態環境、經濟方式以及文化背景上重新闡釋新石器時代以來人類語言的關系類型和演變模式。
1998、1999年，在《論索緒爾靜態語言學的三個直接來源》、《心理索緒爾：精神分析的壹個嘗試》中，提出“四個索緒爾”：1.教程索緒爾：依據《普通語言學教程》所了解的索緒爾；2.學術索緒爾：依據靜態語言學理論的三個直接來源所探究的索緒爾；3.手稿索緒爾：依據新發現的手稿、劄記等所新知的索緒爾；4.心理索緒爾：依據其學生時代遭遇與中老年心態所揭示的索緒爾。
2000年，在《東西方文化的本原差別及其分野》提出，世界文化類型的劃分應當以源頭文化差別、語言結構差別、本原哲學差別和衍生文化差別為標準。語言文字學是學科之母。語言結構類型特征決定了語音分析模式，屈折語語音的繼起性產生了語音分析的音素論，詞根語語音的***起性導致了語言感知的音節論。認知模式、思維模式、思辨模式與語音分析模式具有相關性。本原哲學結構模式與語音結構模式具有同構性，歐洲自然哲學的原子論模式與音素論同構，中國人倫哲學的玄牝象模式與音節論同構。語音模式、哲學模式、思維模式對子文化結構模式具有制約性。某壹類型中的子文化模式只是這些模式在衍生文化領域內的歷史性延伸。通過追根窮源和縱橫比較研究，可以把東亞華夏漢文化定性為東方文化類型，把印度文化、伊斯蘭文化和西歐文化定性為西方文化類型。唯有以語言文字為線索，才可能貫通原始崇拜、神話學、宗教學、歷史學、哲學、思維學、邏輯學、社會學、政治學、心理學、自然科學、藝術學等，以揭開東西方語言文化哲學模式的生命密碼。只有發現了中國文化的DNA，才能從根本上解釋3000年來的過去中國、準確描寫東西方文化合流中的20世紀現當代中國和預見21世紀的未來中國。東西方文化本原差別的研究，其價值在於早日走出困擾中國幾百年的現代化或世界化問題怪圈。
2001年，提出“語言科技新思維”。所謂“語言科學”包括理論語言學、描寫語言學、歷史語言學、應用語言學等分支學科，所謂“語言技術”指語言研究的現代技術手段，包括語言信息處理、語音實驗分析，以及語言的神經、心理和行為實驗分析的技術手段等。
2001年，提出現代漢語元語言系統研究的層級性理論，包括習得元語言、釋義元語言、析義元語言和認知元語言四個層級。
2001年，提出“語義語法學理論”。無論是漢語語法研究，還是語言信息處理，都需要既能反映漢語典型個性又植根於人類語言本質***性的理論。人類語言的本質***性是語義性，語義系統的潛在機制是網絡性，語義網絡的形成過程是建構性。根據語義統壹場理論，語形本質是語義的標記性，詞類本質是語義的聚合性，句法本質是語義的纏繞性。語義語法學以義征挖掘和義場建構為基礎，以語義範疇提取和語義句模抽象為中樞，以基於義征纏繞的語義網絡建構為目標。2007年，出版《語義語法學導論：基於漢語個性和語言***性的建構》。
2008年，寫成《親緣比較語言學：超級語系建構中的華夏漢語位置》。追溯了發端於西歐的語言歷史比較的緣起，歷史比較語言學孕育於16世紀的法蘭西，形成於17世紀的荷蘭，第壹個裏程碑是M.Z.van Boxhorn（1647）提出的斯基臺語系（相當於印－歐語系）。傳統語系所追溯的語言同源，是生活在金屬時期（約3000～2000B.C.）的人類迅速遷徙的語言關系；而超級語系所追溯的語言同源，是生活在新石器時期（約8000～5000 B.C.）的人類緩慢遷徙的語言關系。論證華夏漢語與南方海島諸語具有親緣關系的超級語系主要有：澳－泰語系假說、漢－南同源假說、東亞超級語系假說等；論證華夏漢語與北方草原諸語具有親緣關系的超級語系主要有：漢－歐同源假說、漢－高同源假說、漢－阿同源假說、漢－烏同源假說。在現代人類的史前擴散和新石器－金屬時期文化傳播方面，東亞大陸具有天然樞紐的位置。走出非洲的現代人類，西亞成為第壹個中轉站，他們壹方面向東來到東南亞，壹方面向北進入高加索。無論是從東南亞轉道北上，還是從高加索調頭東進，其匯合之處都指向黃河流域。由此，也就導致了該區域人種－語言－文化的形成和演化出現最為撲朔迷離的狀況。而作為舊大陸的最東部，黃河流域又成為向新大陸擴散的起點，就此而言，“中國/中土（中央之土）”確實處於新舊世界之間的樞紐位置。也正是基於這壹根由，盡管壹些早期工藝首先在西亞－中亞發生，但是並不妨礙在東亞成長，從而鑄就出恢弘的華夏文化。語言的歷史比較發展到超級語系建構階段，也就預示著傳統歷史比較務必改弦更張——從語言的“同源性”研究轉向語言的“親緣度”檢測。以原始祖語建構為目標的同源性研究重在定性，而基於相關語言要素的親緣度檢測則重在定度。語言關系類型學、親緣度理念、語言關系－基因漂流研究的互證、基於計算機的統計語言學，為21世紀的“親緣比較”研究奠定了理論和方法。
2008年，出版《中國轉型語法學­——基於歐美模板與漢語類型的沈思》。本書基於歐美模板與漢語類型之間的關系，對中國轉型語法學的源流演變、學術背景、理論基礎、具體方法及其利弊得失逐壹剖析，旨在為21世紀的新生代編織搖籃，並非為20世紀的老前輩再壘豐碑。19世紀以前，西洋學者已經走過了基於多明我傳統的三百年漢語文法學研究歷程。20世紀以來，中國轉型語法學先後形成基於普遍唯理主義的馬建忠傳統和基於分布描寫主義的趙元任傳統。如從40年代始，漢語語法研究堅持以意義－功能作為劃分詞類的標準（王力1943），堅持以補詞作為句法分析的單位（呂叔湘1942），堅持以意合作為句法結構的機制（王力1943），基於漢語結構類型並具普遍價值的功能－結構語法學早就建立，完全有可能在50年代與歐洲功能－結構學派平分秋色。學術史研究應避免基於單壹價值取向或編撰模式的復制，而甄別“壹家之言”的途徑就是營造多種價值取向的***存生態，給學人提供自主取舍的空間。