最常用的核酸熒光染料,可嵌入核酸雙鏈的配對堿基之間,在紫外線激發下,發出桔紅色熒光.EB-DNA復合物中的EB發出的熒光,比遊離的凝膠中的EB發出的熒光強度大10倍,因此無需洗凈背景即可清楚觀察核酸帶型.若EB背景太深,可將凝膠 浸泡於1mmol/LMgSO4中1h或10mmol/L MgCl2中5min,使非結合的EB褪色,這 樣可檢查到10ng的DNA樣品,EB也可用於檢測單鏈DNA或RNA,但其對單鏈核酸的親和力相對較小,熒光產率也相對較低.
在凝膠或電泳緩沖液中加入終濃度為0.5μg/ml的EB,染色可在電泳過程中進行,能隨時觀察核酸的遷移情況.但EB帶正電荷,嵌入堿基後增加了 核酸分子的剛性,使遷移率減慢,故不宜用於測定核酸分子量的大小,這時應在電泳後將凝膠浸入0.5μg/ml的EB水溶液中10min進行染色.EB見光 易分解,應於4℃避光保存,
2、吖啶橙（acridine orange,AO）：
吖啶橙可嵌入雙鏈核酸堿基對之間,在254nm紫外線激發下發出530nm的綠色熒光；還通過靜電與單鏈核酸的磷酸基結合,在254nm紫外線激發 下產生640nm的紅色熒光.因此可區分單鏈和雙鏈核酸,靈敏度分別為0.1μg和0.05μg.但吖啶橙的染色操作要求嚴格,應在 22℃,0.01mol/L磷酸鈉緩沖液（pH7.0）中避光浸泡30min,然後在搪瓷盤中用該緩沖劑4℃脫色過夜或22℃脫色1~2小時.
3、銀（Ag+）試劑：
Ag+與核酸形成穩定復合物,然後用甲醛使Ag+還原成銀顆粒.AgNO3等試劑可使聚丙烯酰胺凝膠上的單鏈,雙鏈DNA及 RNA都染成黑褐色.銀染法的靈敏度比EB染色高200倍左右,比亞甲藍染色高100~1000倍,在小於0.5mm厚的凝膠中,能檢測出0.5ng的 RNA,其缺點是專壹性不強,能與蛋白質,去汙劑反應也產生褐色,而且對DNA的染色定量不準確.銀與DNA穩定結合,對DNA有破壞作用,不適於DNA 片段回收的制備.
4、亞甲藍（methylene blue）
可將RNA染成藍色,但靈敏度不高,而且操作時間長.膠浸泡於0.02%的亞甲藍,10mmol/L Tris-Ac（pH8.3）,4℃放置1~2h,用凈水洗5~8h（反復換水）,帶型肉眼可見,最低檢測量為 250ng.